2011个新闻

An extensive microRNA-mediated network of RNA-RNA interactions

海绵调制器的全基因组推断鉴定包括〜248,000相互作用的mir-程序介导的转录后调控(MPR)网络。

几十年来,科学家们认为,信使RNA(mRNA)的主要作用是从DNA到核糖体蛋白质合成的场所班车信息。然而,新的研究表明,现在一个基因的mRNA可以控制,并通过微小RNA分子的一个大型游泳池的,其他基因的mRNA进行控制,以几十到几百复杂的自我调节的子网络共同工作的基因。

发表在该杂志工作 细胞, 安德烈卡利法诺, 荷西西瓦胶质母细胞瘤,和同事分析基因表达数据,结合匹配微小RNA谱揭示令人惊讶的大小的转录后调节层,其包括多于248,000微RNA(MIR) - 介导的相互作用。这些包括~7,000基因,其转录物充当MIR“海绵”。当两个基因共享一组微小RNA调节器,在一个基因的表达变化影响另一个。如果,例如,这些基因中的一个中高表达,其mRNA分子的增加将“海绵吸去”更多的可用microRNA的。其结果是,较少的微小RNA分子将是可用于结合和抑制其他基因的mRNA的,导致在表达的相应增加。

虽然这样的效果之前已阐明,这种交互的范围和相关性没有被表征。

巴里霍尼格, Professor of Biochemistry & Molecular Biophysics, Howard Hughes Medical 在stitute investigator, and Director of the Center for Computational Biology and Bioinformatics, was honored by The American Society for Biochemistry and Molecular Biology with the DeLano Award for Computational Biosciences for his work in macromolecular interactions in biology. The award is given to a scientist for innovative and accessible development or application of computer technology to enhance research in the life sciences at the molecular level. Dr. Honig's software tools and their underlying conceptual basis are widely used by the general biological research community to analyze the role of electrostatics in macromolecular interactions.

第六届年度梦想竞争,系统生物学的7日年化RECOMB卫星会议,监管基因组学的第八届RECOMB卫星会议,并在癌症信息学idibell会议将联合在idibell学院,在西班牙巴塞罗那举行,10月14日19日,2011年四个会议旨在汇集计算和实验的科学家在基因组的监管和系统生物学领域,讨论目前的研究方向,最新的研究结果,以及对基因调控系统级的认识建立新的合作关系,与特别强调了癌症。 点击这里 欲获得更多信息。 

赛义德tavazoie,教授生物化学和分子生物物理学的太阳城平台新闻系,加入c2b2。博士。 tavazoie的研究重点是了解背后的分子网络的发展和功能的组织原则。在一个规模,他的作品采用大规模全基因组的观察揭示这些网络的螺母和螺栓,并了解他们是如何走到一起,协调生物学行为。在另一个极端,它的目的是通过考虑本地生态背景中,这些网络已经发展到实现功能的全面的理解。在最高级别,他的目标是要了解网络如何体现分子与外界的内部表示,并促进适应性行为。

博士。 tavazoie的研究主要集中在生物从细菌到人类的转录调控和基因网络的环境这些问题。除了使用传统的实验方法,他的实验室开发和利用新技术制作的全基因组的意见,以把这些观察到基础生物学的预测模型所需的计算和分析工具一起。

教授tavazoie获得博士学位,从哈佛医学院在2000年,他加入c2b2和太阳城平台,普林斯顿,他是在分子生物学和基因组学整合的刘易斯西格莱尔学院系教授。

沉宇峰在生物医学信息学系助理教授,加入c2b2和系统生物学哥伦比亚主动权。博士。沉从文的研究主要集中在对人类遗传学和疾病的研究计算方法的发展和应用。具体而言,他的研究小组正在努力在四个方面,包括高通量测序和从头组装,人类疾病的遗传图谱,自身免疫和主要组织相容性复合体,药物基因组学和个性化的治疗。

博士。沉获得博士学位计算生物从人类基因组测序中心在贝勒医学院在2007年,2008年,他加入了太阳城平台作博士后研究。

鹭夏皮拉在微生物学和免疫学系系统生物学助理教授,加入了系统生物学(cisb)哥伦比亚主动权。博士。夏皮拉的研究主要集中在破译遗传和分子电路是在宿主 - 病原体相互作用的界面。我们的目标是要了解该电路如何控制细胞对感染,赋予对病毒的选择性压力,影响疾病的进展。这些关系的机械理解将提供重要的见解,控制基本细胞生物学和将在人类翻译免疫学和传染病研究具有广泛的意义细胞机器。

沙皮拉接受了他在免疫寄生虫学博士生克里斯托弗的指导下进行。猎人在宾夕法尼亚州,2005年大学并于1999年在耶鲁大学公共卫生硕士学位,他加入哥伦比亚从Broad研究所,在那里他有一个博士后。

Gene clusters found using NETBAG analysis of de novo CNV regions observed in autistic individuals.

使用在自闭症个体中观察到从头CNV区域netbag分析发现的基因簇。 a)使用时,每次使用CNV区域到一种基因的搜索过程中得到的得分最高的群集。 b)使用与每个区域到两个基因的搜索获得的集群。

潜在的人类共同的表型复杂的分子网络的识别是现代遗传学的一个重大挑战。 一种新的基于网络的方法 在实验室研制 丹尼斯vitkup 用于鉴定受自闭症罕见从头拷贝数变异(CNV)的基因的大的生物网络。形成网络的基因主要与突触发育,轴突定位,和神经元蠕动。该标识的网络有很大关系以前在自闭症和智力残疾的表型有关的基因。

这些发现与显著更强的功能性扰动需要引起女性自闭症表型相比,男性的假设是一致的。总体而言,从头变异分析支持扰动突触是自闭症的心脏的假说。

癌症基因组系统表征已经表明,个体间差异多样变化的一个惊人的数字,使它们的功能重要性和生理方面的影响仍然很不明确。为了确定哪些遗传改变是功能性的,博士的实验室。戴纳·佩尔已经开发出一种新的贝叶斯概率算法, conexic,集成,以识别肿瘤特异性“驱动器”的像差,以及它们所影响的细胞过程拷贝数和基因表达数据。

在工作发表在细胞杂志中,新方法应用于来自黑色素瘤患者的数据,识别的推定的64“的驱动”和受它们的核心过程的列表。此列表包括许多已知的驱动基因(例如,MITF),其conexic正确地识别并与他们的已知目标配对。该列表还包括小说“驱动器”的候选包括rab27a和tbc1d16,既参与蛋白质运输。这些基因在短期肿瘤衍生的培养物的shRNA介导的沉默确定它们肿瘤依赖性和在黑素瘤验证他们的计算机预测的角色(包括目标识别),表明蛋白贩卖这种恶性肿瘤可能起着重要的作用。