2012个新闻

Genes forming cluster I in the context of cellular signaling pathways

基因细胞信号传导途径的上下文中形成簇I。由簇基因编码的蛋白质示于黄色,而那些对应于存在于所述输入数据而不是由netbag +算法选择的其他相关基因在青色显示。 

在新  发表在杂志 自然神经科学太阳城平台的研究人员报告说,许多在精神分裂症突变的基因被分为两个主要的网络。出人意料的是,该研究还发现,导致精神分裂症的基因网络非常相似,已链接到自闭症的网络。 

使用一个被称为计算方法 netbag +, 丹尼斯vitkup 和他的同事进行罕见的新生突变的基于网络的分析,将基因网络,导致精神分裂症的映射。当他们一个比较精神分裂症网络在他去年出版了一本研究中所描述的孤独症网络,他们发现不同的拷贝数相同的基因变异可导致精神分裂症或者自闭症或。重叠基因是过程,如轴突导向,突触功能和细胞迁移的重要 - 在大脑中的进程已被证明在这两种疾病的发展中发挥作用。这些基因网络胎儿发育过程中特别活跃,这表明精神分裂症和孤独症的基础是一生中很早就奠定。

该中心计算生物学和生物信息学(c2b2)已经开始其先进的科研计算核心的重大升级。

在未来几个月,c2b2将推出,公司拥有的性能212个万亿次浮点运算新的计算集群。这个数字是近九年倍于目前的计算平台的总计算能力,叫做泰坦。新的系统将具有6336的CPU内核,超过70,000 CUDA的核(GPU),和总的系统内存22 TB。对于这个新系统的资金的主要来源是由美国国家卫生研究所高端仪器补助。

巴里霍尼格

当太阳城平台于2005年创办的基因组和蜂窝网络(磁铁)的多尺度分析中心,其目标之一是结构生物学的方法与系统生物学的整合。考虑到蜂窝网络的计算模型的范围内蛋白质的结构,研究人员希望,不仅给予的证据另一层提高他们的模型的预测值,但也导致新的类型,可以使用其他方法进行预测。

新的纸张 出版于 性质 杂志, 巴里霍尼格, 安德烈卡利法诺,并在系统生物学,包括第一作者墙缝悬崖张和Donald皮特瑞哥伦比亚计划的其他成员,报告说,这个目标已经实现了。对于第一次,研究人员已经证明,太阳城平台蛋白质的结构信息可用于作出太阳城平台在全基因组范围蛋白质 - 蛋白质相互作用的预测。他们的方法利用了在计算结构生物学创新技术,该实验室霍尼格已经发展了近15年来,在一个名为预测蛋白质 - 蛋白质相互作用(preppi)新算法的发展高潮。在这次采访中,霍尼格描述了这种新方法的发展,以及它可能意味着系统生物学的未来。

GLOBUS algorithm

 苍白球算法的概述。

太阳城平台队由教授领导 丹尼斯vitkup 与中心计算生物学和生物信息学的博士生德国普拉塔已经开发出了生产代谢网络的概率注释的新的全基因组框架。他们的做法,被称为 使用采样全球生化重建(苍白球),结合太阳城平台与特定于上下文的信息包括系统发育,基因聚类,和mRNA共表达来预测特定基因之间生化相互作用的概率的序列同源性的信息。通过使用一个原则性概率框架集成这些不同类型的信息,该方法克服了仅考虑一次一个功能类别或一个基因,提供代谢网络的全局和准确的预测的局限性。

在发表在纸 自然化学生物学,科学家们写道:“目前,大多数公开可用的生化数据库不为现有的注解提供定量的概率或信任的措施。这使得它很难对这些宝贵资源的用户信心分配和纯粹猜测区分...苍白球方法,这是基于可能的生化分配的统计抽样,提供了一种用于这样的全局概率注释的原则性的框架。该方法注释概率分配给每个基因,并建议可能的复用功能。”

Transforming activity of FGFR-TACC fusion proteins

先进FGFR3-TACC3-shp53生成肿瘤的苏木和伊红染色的代表性显微照片显示高级别胶质瘤的组织学特征。

新的纸张 通过在杂志上太阳城平台医学中心的研究人员公布 科学 已经确定,成胶质细胞瘤的一些情况下,原发性脑肿瘤的最积极的形式,从基因的融合导致 FGFRTACC. 罗尔·拉巴丹,该研究的共同资深作者,带领努力通过定量的方法来从名患者分析胶质母细胞瘤的基因组,以确定这些基因,然后比较这些结果与癌症基因组图谱的项目超过300个基因组。

癌症基因组学专家安东尼iavarone和共同资深作者安娜lasorella合作发现这种蛋白被产生 FGFR-TACC 融合破坏有丝分裂纺锤体和非整倍性引起(引导有丝分裂细胞结构),染色体的不均匀分布导致肿瘤发生。研究人员还发现,瞄准这一像差药物能显着延缓肿瘤的小鼠生长,提示潜在的治疗靶点。

巴里霍尼格, Professor of Biochemistry & Molecular Biophysics, Howard Hughes Medical 在stitute investigator, and Director of the Center for Computational Biology 和 Bioinformatics, was honored by The Protein Society with the Christian B. Anfinsen Award. The award, sponsored by The Aviv Family Foundation, recognizes significant technical achievements in the field of protein science. The following is an excerpt from the award citation: 博士。霍尼格是2012年获奖,他对我们的蛋白质的静电性能和Delphi和把握的发展,这是在结构生物学中最广泛使用的程序之间的理解贡献的收件人。从他的研究小组这些和其他计算工具已经使与蛋白质分子识别,蛋白质膜相互作用,和蛋白质结构稳定许多发现。霍尼格的与细胞 - 细胞粘附和序列依赖性蛋白的DNA识别自己的最新发现是突出的例子.