2014个新闻

Expand在g the l和scape of breast cancer drivers

与先前的研究(Stephens等人,2012,以灰色显示),一个新的计算方法,重点是体细胞的拷贝数的突变相比有所增加已知驱动突变的乳腺肿瘤的数目的5为每个肿瘤的中值。调查结果可以提高发现个别患者可操作的目标与乳腺癌的可能性。

多年来,研究人员已经知道,体细胞拷贝数变化(SCNA的) - 插入,删除,复制,那是不可继承,但在出生后发生的DNA部分的换位 - 中造成许多类型的癌症中发挥重要作用。的确,上皮性肿瘤的复发大部分司机都拷贝数变化,一些发现多达患者与特定的肿瘤类型的40%。然而,当染色体被损坏的整个部分,生物学家们有困难开发SCNA的,实际上从那些可能躺在附近的一个驱动程序,但本身并不引起疾病的基因驱动癌症中鉴别基因的有效方法,因为SCNA的发生。

赫利俄斯近一倍乳腺癌司机高可信度的预测数。

发表在新文件 细胞,研究人员在实验室 戴纳·佩尔 (太阳城平台部门系统生物学和生物科学)和荷西西瓦(医学西奈山伊坎学校)上,有望显着提高研究人员的内潜在的大SCNA的识别癌症基因驾驶能力的新的计算算法的报告。该算法被称为的Helios,用于分析基因组数据,并通过功能性RNAi筛选产生的信息的组合,使它们能够预测乳腺癌的几十新SCNA驱动程序。在后续 体外 实验研究中,他们测试这些预测,其中10在实验室中进行了验证的12。他们的研究结果几乎翻番乳腺癌驱动器的数量,对乳腺癌的个性化治疗提供了许多新的机遇。他们的方法是一般性的,也可以用来定位在其它类型癌症的致病SCNA的。

领导这一努力是 费利克斯·桑切斯 - 加西亚从pe'er实验室最近的博士研究生毕业,并在纸张上的第一作者。这一突破是怎么来的故事照亮的是发生在系统生物学系的跨学科研究和教育如何应对所面临的生物和生物医学研究的重要挑战。

Fluidigm C1 S在gle-细胞 Plate

在Fluidigm公司C1单细胞自动制备型系统的核心是包含微流体96孔板中。后个体的细胞在他们自己的孔分离,该装置放大其全基因组基因表达谱的cDNA。科学家在哥伦比亚基因组中心正在开发解决单细胞RNA测序的技术和分析方法的挑战,并且已经开始产生一些令人兴奋的数据。

由于第一显微镜的发明,新技术的游行已使科学家在详细的越来越细的水平来研究各个细胞。在过去的两年中见证了这一发展的重要下一阶段,与第一设备用于在全基因组范围的基因谱的单细胞的到来。

在此字段中的第一个商业产品是Fluidigm公司C1单细胞自动制备型系统,它使用微流体以分离单个细胞,并提供以产生基因表达图谱长达96个细胞以时间的能力。但由于技术和单细胞工作的固有困难的新颖性,它已提出了一些有兴趣在此级探索生物学研究的技术挑战。

现在,科学家们在 JP苏兹贝格哥伦比亚基因组中心 由助教带领 彼得·模拟人生 和 沉宇峰 已经开发了一个实验和计算管线,优化了C1的能力。甚至因为他们的工作,以解决一些固有的单细胞研究面临的挑战,他们的做法已经开始产生一些令人兴奋的数据,在多种细胞类型的研究遗传学。

Calendar

系统生物学系很高兴地宣布扬声器在其2014 - 2015年系列研讨会。研讨会系列以一组不同的领域,包括癌症基因组学,系统生物学,计算生物学,人类遗传学,肿瘤生物学,RNA剪接调控,染色质和细胞信号传导,和微流体和测序工作领导调查。请保存日期!

所有活动将在系统生物学的普通房间(ICRC 816)处进行,除非另有说明。将于下列因为他们成为可用的链接提供有关这些事件的更多细节。

为系统生物学事件的所有部门的不断更新的日历,以及查看过去的研讨会存档,请访问 www.robbsalon.com/events.

DIGGIT identifies mutations upstream of master regulators.

一个称为diggit新算法标识了位于调控网络内的关键瓶颈的上游的突变。这些瓶颈,称为主调节器,集成这些突变和成为疾病必需功能的驱动程序,如癌症。

虽然全基因组关联研究已经使人们有可能以标识有关的疾病,如癌症,确定哪些变异实际上是驱病以及他们是如何做到这一点一直是一项持续的挑战机制的突变。在 论文刚刚发表在 细胞,研究人员在实验室 安德烈卡利法诺 描述一个新的计算方法,可以帮助解决这个问题。

Dana Pe'er 和 凯尔佳佳

戴纳·佩尔已经获得了高风险,高回报的研究先锋奖,和博士后科学家凯尔佳佳已经赢得了早期独立奖。

系统生物学的太阳城平台部门的两名成员已经从健康共同基金的国家机构命名的NIH主任奖收件人。

副教授 戴纳·佩尔 是2014年NIH主任的10名获奖者一个 先锋奖。先锋奖提供长达5年以上至250万$,支持谁是追求“高风险,高回报”的科学,具有巨大的潜力转化的生物医学和行为研究特别创作调查。该奖项将支持一项雄心勃勃的新项目,开发必要建立全面的发展,高分辨率图谱在人体所有细胞类型的技术和计算方法。

此外, 凯尔佳佳在教授赛义德tavazoie实验室的博士后科学家,曾获得NIH主任 早期独立奖。 (DR。tavazoie也是先锋奖的获奖者过去)这个方案使优秀年轻研究者谁最近完成了博士学位的快速进入独立的研究职位。博士。佳佳只是17位科学家之一,今年获得这一奖项。与系统生物学研究员方案部门合并,这五年,$ 1.25万美元的赠款将允许他在太阳城平台开设了自己的实验室,追求独立的研究来调查细菌持久性的问题。他是系统生物学研究者的第二处领取早日独立奖,这个荣誉被确认加盟助理教授哈里斯旺。

“有系统生物学的部门内的NIH主任奖四个收件人 - 在一个特别是两个年份 - 是相当显着,说:”系主任安德烈卡利法诺。 “我认为这是一个证明了这一点正在哥伦比亚进行系统生物学优惠,以及研究的高品质的视角和工具的时效性。我期待着这无疑将来自Dana的和Kyle的精彩万分努力的发现“。

我们很高兴地宣布,太阳城平台医学中心教授奥利弗·霍伯特,理查德·曼恩和罗德尼罗斯坦的命名已在系统生物学的交叉学科部门任命。加入这个新的专业知识,将扩大目前正在探讨在科学系的广度,加强对学生的教育机会,促进新的合作,推动系统生物学的观点和方法,进入研一体化正在大学别处进行。

哈里斯旺

在乔治教堂的哈佛大学实验室的研究生, 哈里斯旺 发达的法师,合成生物学领域的一个革命性的工具,使得它可以引入基因突变成 即大肠杆菌 细胞在高度特异性和有针对性的方式。现在在系统生物学博士,太阳城平台系的助理教授。王最近发表了 纸在ACS合成生物学 该介绍法师技术的一个重要进展。新的技术,称为(MO)-mage,使用芯片来设计,一旦放大,并整合到基因组寡核苷酸的池,可同时产生高度受控的突变十万甚至上百万。这种新方法提供了设计和生产大量的基因组变异的具有成本效益的方式,为实验探索突变的全基因组景观中的细菌和优化生物的生化功能,提供了一个高效的平台。

在随后的采访中,博士。王解释了新技术的起源,并讨论了他所看到的,因为它适用于合成生物学的两个基础生物学研究和工业应用的潜力惊人。

如何法师和(MO)-mage从基因组工程较为传统的方法有什么不同?

在传统的基因组工程,研究人员会诱发基因组随机扰动。例如,你可以使用紫外线照射或诱变剂产生的突变,然后做一个选择的实验来比较,并且基于他们对特定刺激如何应对不同基因型分离细胞。这种方法的问题,不过,是你没有办法控制发生什么突变,即使你知道你有兴趣在调查的突变。

(MO)-mage提供了一个具有成本效益和有效的方式,有针对性地同时突变大量基因的。

Ashkenazi Population Bottleneck Model
德系犹太人血统的财团的模型表明,占人口的历史是由三个关键瓶颈事件形。两个群体的祖先经历了一个瓶颈之间的某个时候和8500091000年前,这与外的非洲事件可能重合。创始欧洲人口大约经历了一个瓶颈,21,000年前,开始了一段欧洲和中东血统的个体之间的杂交繁殖的。一个严重的瓶颈发生在中世纪,在350个人减少人口。在现代社会的德系从该组中出现了。

一个国际研究财团副教授领导 itsik pe'er 已经产生的参考基因组,这将改善显著遗传变异在德系犹太人的研究提供新的面板。通过深度测序分析的128种德系犹太血统的健康人的基因组, 德系基因组财团(TAGC) 刚刚出版了会比以前可用的欧洲参考基因组鉴定这个历来隔离人群中的致病突变更有效的资源。他们的研究也提供了新的见解德裔社区的历史渊源和血统。描述他们的研究论文有 刚刚在网上公布 在 自然通讯.

由财团产生的数据集提供了一种高分辨率的德系犹太人群,它们发现是从非犹太欧洲人发现显著不同的基线基因组谱。过去,临床医生用于识别个人的德系的致病突变唯一的选择是他们的基因组比较更多的异构欧洲的基准集。这个新的资源占该人群的历史隔离,因此会使基因筛查多在确定致病突变更准确。

文章 出现工程和计算机科学博士,美国太阳城平台的华富基金学校的网站上。 pe'er解释说:

“我们的研究是供德系犹太人的基因组的第一个完整的DNA序列数据集...与目前在德系犹太人人口突变的这种综合目录,我们将能够更有效地疾病基因映射到基因组中,从而获得更好的理解常见的疾病。我们看到这项研究作为个体化医疗的车辆,并与其他人群工作的研究人员的模型“。

此外,为这种未来转化和临床研究的重要资源,论文的研究结果也提供了对欧洲和德系犹太人种群是如何出现在历史上备受争议的问题,影响了新的见解。

Illum在a公司nextseq 500 at 太阳城平台

作为基因组测序技术的发展,在 JP苏兹贝格哥伦比亚基因组中心 继续为国家的最先进的工具,太阳城平台生物学和生物医学研究团体的访问。在其最近的收购,基因组中心刚刚安装了两个 Illum在a公司nextseq 500 序。该nextseq 500是一种灵活,高效的桌面音序器,提供强大的高通量测序能力。

太阳城平台研究人员谁是Illum在a的新一代测序平台的经验,现在可以安排时间使用nextseq 500自己的研究。 

Differential decay rates 在 MDA-LM2 vs. MDA cells

结构RNA稳定性元件(SSRE)家族mRNA的元件的存在下,在从在其亲代细胞MDA线看转移性MDA-LM2乳腺癌细胞系区分转录物的稳定性。每个区间包含大约350个转录物差动衰减速率的测量。从左(在MDA更稳定)到右(在MDA-LM2更稳定),srse携带转录物的那些在MDA-LM2细胞不稳定之间富集。在teiser算法共同描绘ssres作为一种通用的茎环,蓝色和红色圆圈标记分别具有低和高GC含量核苷酸。此外,还包括交互信息(MI)值及其关联 z-scores。 

基因表达分析已成为用于识别调控网络内的基因之间的交互的广泛使用的方法。如果在两个基因的表达水平的波动一致地并联随时间偏移,该逻辑是,这是合理的假设,它们由相同的因素调节。然而,这样的分析已经典型地集中在稳态的基因表达,并没有占修饰信使RNA(mRNA)可以在从DNA它们的转录和其翻译成蛋白质之间的时间经历。研究人员现在了解到,在一定的mRNA茎环结构,有可能使蛋白质结合到他们,往往会造成RNA降解,然后调节蛋白质的合成。从系统生物学的角度来看,这可能对整个调控网络的活动的影响,以及最近的研究甚至表明,在mRNA稳定性畸变可以在疾病发生和发展的作用。

杂志上发表的一篇新论文 性质,系统生物学系教授 赛义德tavazoie 并在洛克菲勒大学的合作者描述了鉴定转录后修饰和调查其在生物系统影响的新的计算和实验方法。在转移性乳腺癌的研究中,他们确定,当该蛋白质TARBP2结合到mRNA转录物的特定结构元件,它增加的可能性,癌细胞将变得侵入和扩散。有趣的是,他们还发现,通过TARBP2两个基因的结合导致转录物转移 - 淀粉样前体蛋白(APP)和锌指蛋白395(znf395) - 先前已在阿尔茨海默氏病和亨廷顿氏病,分别牵连​​。尽管潜在癌症和神经退行性疾病监管网络之间的这个路口的性质不清,发现引起了太阳城平台是否这些非常不同的疾病可能会在一些基本的生物学水平挂钩一个诱人的问题。

geworkbench screenshot

geworkbench的新版本让研究人员使用标准的Web浏览器访问一系列强大的,集成的生物信息学工具。在这里,使用网络的Cytoscape插件显示aracne产生的基因调控网络。

自2005年创立,在太阳城平台的研究人员 中心用于基因组和蜂窝网络的多尺度分析(磁铁) 已经开发了大量的计算工具,从结构生物学和系统生物学的角度研究生物系统。巩固和传播这些工具向更广泛的研究团体,磁铁开发 geworkbench (基因组学工作台),即收集所有中心的软件和数据库为一体的综合软件平台的自由,开放源码的生物信息学应用。这些包括用于蜂窝调控网络,蛋白质结构,DNA和蛋白质序列,基因表达,和其它种类的生物数据的分析应用。

最初,geworkbench已作为一个软件包,用户可以安装在本地计算机上运行。现在,在一个重大的升级,磁铁已经发布了 基于Web的版本 这使得这些工具通过浏览器界面访问。

Personalized Medic在e

通过例证了Davide博纳齐,礼貌 太阳城平台医学.

在2014年春季发行的封面文章 太阳城平台医学 在一个新的,太阳城平台,共同努力报告,以利用新的科学方法和技术的发展潜力,推进癌症和其他疾病的个性化治疗。在哥伦比亚校长李布林月份宣布,一个跨学科的工作小组已经形成了以协调的科学,政策和临床必需的组件以实现这一目标。系统生物学系,包括其 中心计算生物学和生物信息学JP苏兹贝格哥伦比亚基因组中心,已被确定为在本学科的努力的重要伙伴。如文章报道:

快速发展的技术,使DNA测序显着的新技术检测几乎细胞生理学的所有方面都导致了数量空前的信息(大数据)正开始产生新的计算方法和高速产生沿着更快,更便宜计算机,所有这些承诺让诊断和治疗为患者特异性和精确。

To harness the potential created by these scientific advances for the benefit of patients, [College of Physicians & Surgeons] Dean Lee Goldman, MD, has made personalized medicine a key goal of the medical school’s strategic plan. “At Columbia, we have enthusiastic consensus in support of personalized medicine—the personalized application of scientific advances to modern diagnosis and treatment, easily accessible 和 attentive care for the people who entrust us with their health和 personalized education for each of our 在dividual students,” says Dr. Goldman…

在太阳城平台的个性化医疗的努力的中心是系统生物学,汇集研究人员专门从事分子生物学,遗传学,计算生物学和生物信息学,结构生物学,数学,化学与化学生物学,物理学,计算机科学等领域的新部门。根据任所长和椅子 安德烈卡利法诺博士,化学系统生物学的克莱德和海伦武教授,新的部门旨在提供所有分子间的相互作用进行了深入,系统级特性。正是这种系统级方法对疾病的生物学,可以系统地确定为90%谁缺乏明确可操作的基因突变的癌症患者的疾病司机和成药的目标。这只是在最近几年通过科学和技术,需要一个完全跨学科方法的重大进步成为可能。

文章通过系统生物学教师的部门包括博士介绍了如何研究。卡利法诺, 尼古拉斯·塔通蒂, 布伦特斯托克韦尔塔利拉帕莱宁,与整个大学部门调查员一起,正在促进这一雄心勃勃的举措。 在这里阅读完整的文章.

Sayantan Bose Receives Best Poster Award

副教授哈门·布斯玛克(左)给出了最佳海报奖博士后sayantan百色他的努力,为执行单细胞转录组测序的高通量平台。

5月30日,2014年,系统生物学和太阳城平台部 中心用于基因组和蜂窝网络的多尺度分析(磁铁) 在纽约Tarrytown塔潘山大厦举行了一年一度的撤退。事件提供按部门调查采取了一些近期工作的概述,并提供了部门成员社交和他们目前的研究领域交换意见的舒适环境。

Compar在g human 和 mouse prostate cancer networks

计算协同作用分析来自人(左)和小鼠描绘FOXM1和CENPF调节子(右)示出相互作用组共享和非共享的目标。红色对应于高表达的目标和蓝色低表达的目标。

两个基因共同促成前列腺癌的最致命的形式,根据系统生物学的太阳城平台调查部门新的研究。这些发现可能导致诊断测试,用于识别有可能成为侵袭性那些肿瘤和新颖的组合疗法的发展为疾病。

两个genes-FOXM1 CENPF-had先前与癌症有关,但没有一个现有的研究表明,他们可能协同作用,使前列腺癌的最进取的形式。 这项研究今天发表 在网上发出 癌细胞.

“独立,既不基因在其前列腺癌贡献方面显著,说:”共同资深作者 安德烈卡利法诺,克莱德和生物医学信息学和系统生物学系主任化学生物学的海伦吴教授。 “但是,当两个基因被开启,它们一起工作协同激活与疾病的最积极的形式相关的途径。”

联合首席研究员安德烈卡利法诺讨论了新的研究。

“最终,我们希望这一发现让医生找出最侵略性前列腺癌患者,使他们能够得到最有效的治疗方法,说:”共同资深作者 科里减弱深,泌尿科学的迈克尔和Stella切尔诺教授,也是系统生物学的部门的成员。 “具有预测哪些病人将响应特定药物的生物标志物将有望提供更加个性化的方式来治疗癌症。”

Molly Przeworski莫莉普沃斯基加入了太阳城平台在系统生物学和生物科学系的系教授。普沃斯基在实验室研究了自然选择,遗传漂变,突变和重组如何塑造个体和物种间看到的遗传差异。为此,他们开发的进化过程的模型,建立统计工具,并分析大规模变化数据集。他们的研究目标之一是要了解如何选择自然塑造了遗传变异的模式,并找出原因,变化的后果重组和突变率,在人类和其他生物。

Distribution of marker expression across development

一个名为癖新算法采用单细胞的测量,检测标志物表达跨越发展如何变化。

杂志上发表的一篇新论文 细胞,一组研究人员的带领下 戴纳·佩尔 在太阳城平台和加里·诺兰在斯坦福大学介绍了在单细胞水平映射移动发展的强大新方法。通过新兴技术的研究单细胞的一个新的,先进的计算算法相结合,他们已经设计制图开发一种新的方法,创造了有史以来人类B细胞发育最完善的地图。他们的做法将大大提高研究人员的研究开发在所有类型的细胞,使其能够识别的发展,导致病少见畸变,并最终帮助指导下一代的研究再生医学的能力。

并指出为什么能够产生这些地图是一个重要的进步,博士。 pe'er,在系统生物学和生物科学系的太阳城平台系副教授解释道,“还有,从在控制我们细胞库的发展和许多罕见的分子程序故障导致许多疾病,我们还没有还重要的是,监管的细胞类型的发现。我们才能真正了解这些疾病出现问题,如果我们在正常发展进程的一个完整的地图。这样的地图也将作为再生医学指南针,因为它是非常难以生长的东西,如果你不知道它是如何发展的性质。对于第一次,我们的方法使得人们有可能建立一个高分辨率的地图,在单细胞水平上,可以引导这些类型的研究。”

M. Tuberculosis Culture

米结核 细菌菌落。图片来源:CDC / DR。乔治Kubica的[公共领域],通过维基共享资源

丹尼斯vitkup在系统生物学和生物医学信息学系的太阳城平台系副教授,先后被授予的R01津贴从医学科学(NIGMS)的国家研究所合作开发用于预测细菌代谢网络的计算管道。建立在以前在他的实验室开发了一个框架调用苍白球,该项目将产生代谢网络的概率注解所有导致人类疾病的主要细菌种类。它都将提供可用于研究代谢细菌的任何物种和生产,将有助于谁是寻找对许多世界上最致命的病原体疗法的研究人员有价值的信息的方法。

布伦特斯托克韦尔 祝贺 布伦特斯托克韦尔,的2014年lenfest杰出教学奖10个收件人之一。博士。斯托克韦尔是化学和生物科学的副教授,和系统生物学的太阳城平台部门的成员。

通过受托人格里lenfest(法律'58)捐款建立,lenfest奖项旨在表彰的教师谁是不仅多才多艺的学者,而且在教学和指导表现卓越,以及大学公民和专业参与。在lenfest奖的每个收件人收到的$ 25,000奖金为三年期,并在lenfest颁奖晚宴是公认的。

Chris Wigg在s

在“最有创意的人”功能, 快公司 杂志最近采访 副教授 克里斯·威金斯, 系统生物学中心的部门计算生物学和生物信息学,他在世界上的数字新闻最受尊敬的直销的一个新的任命的教员。在此期间,他将率领一个机器学习团队的发展,这将有助于 纽约时报 更好地了解它的观众是如何使用和浏览其内容。

在采访中博士。威金斯解释了为什么学习机正在成为大数据的时代越来越重要,而有关的自然科学和媒体现在都面临的共同挑战。

赛义德tavazoie

系统生物学的特征之一是它集成的用于探测分子相互作用的网络计算和实验方法。的研究 赛义德tavazoie在系统生物学的太阳城平台系的教授,一直象征这种方法的。在物理学本科学业后,他成为了支配基因表达,特别是在如何理解基因表达是由基因组编码信息中规定的流程着迷。从那时起,他的多学科的研究方法产生了重要的见解编排基因组调控,以及探索这个复杂的景观了一些新的算法和技术的原则。

在这段对话中,博士。 tavazoie讨论了他在基因转录,转录后调控和分子进化领域的研究,以及一些创新的技术和实验方法,他的实验室已开发。

彼得·模拟人生彼得·模拟人生在系统生物学的太阳城平台系助理教授,先后被评为副主任在的新技术 JP苏兹贝格哥伦比亚基因组中心。在这个岗位上,他将制定,指导和实施策略将新的高通量实验方法为在基因组中心做了研究。

作为一个训练有素的物理化学家,博士。西姆斯一直在开发了多项创新技术的高通量设置研究单个细胞。使用类型的微流体称为软光刻的,他的实验室已经被设计用于创建在直径井微米几十只组成阵列,小到足以分离和对单个细胞进行高通量实验的方法。  

任命博士。西姆斯,以他的新角色将启用哥伦比亚基因组中心,开发了多种,将有利于整个太阳城平台的研究人员社区的新应用。 

Dana Pe'er戴纳·佩尔在生物科学的太阳城平台系副教授,系系统生物学 先后被评为2014年奥弗顿奖获得者。国际社会自2001年以来计算生物学(iscb)颁发的,奥弗顿奖承认一个优秀的早期至中期,职业科学家每年谁已经取得通过研究,教育,服务,或计算生物学领域的显著贡献这三者的组合。该奖项旨在表彰博士。 pe'er“对她适用的计算方法复杂数据的前沿研究,了解分子网络的细胞在整体系统级的组织。”

作为2014年奥弗顿奖,博士的赢家。 pe'er将获得奖励和现在的一 主题演讲 在智能系统的分子生物学,这将在2014年7月在波士顿举行的iscb的第22届年度国际会议。

在她的研究,博士。 pe'er导致的计算方法的开发整合高通量生物数据的大规模,多样化的集合,是了解的分子网络的结构和功能的目的。在 最近的工作,她一直专注于开发从单细胞解释数据,并与不同表型的细胞群体特征异质性的方法。她还在开发的计算模型对理解监管网络功能以及这些变化如何监管网络导致的健康和疾病的特定表型的表观遗传变化的影响。调查这些地区的癌症研究领域内的特别相关,和pe'er实验室的调查结果和计算方法都提供了新的战略,改进个性化医学的癌症治疗。

塔利拉帕莱宁塔利拉帕莱宁 加入太阳城平台在系统生物学系助理教授。博士。拉帕莱宁是RNA测序数据的分析方面的专家,研究领域包括人类基因组的功能变异,在人类基因组变异的群体遗传背景,基因组功能的诠释。

博士。拉帕莱宁加入系统生物学的共同任命与纽约基因组中心(nygc),在那里她也将作为一个初级调查员和核心成员的部门。总部设在曼哈顿下城,nygc主要是由被设计翻译有前途的纽约地区的机构了一个财团基因组学为基础的研究,治疗,预防和管理疾病的新策略。这种合作的任命与太阳城平台 - 的nygc的机构创始成员 - 将加强这两个机构之间的合作。 (读取博士的采访。拉帕莱宁在纽约基因组中心网站。)

博士。拉帕莱宁赢得了她在遗传学博士,在芬兰赫尔辛基大学,并举行任命为在日内瓦医学院,瑞士的大学和医学的斯坦福大学医学院的博士后研究员。她是分析组的椅子 在健康和疾病(geuvadis)财团的RNA测序项目的遗传变异欧洲,该分析组为健康的国家研究所成员 基因型组织表达(gtex)项目和分析的部件和用于功能解释基 千人基因组计划.

面板在螺旋中心,题为“合成生物学和系统生物学:重塑生活的代码中包含了美国太阳城平台教授赛义德tavazoie和Andrea卡利法诺,以及迈克尔·赫克特(化学系教授,普林斯顿大学),马克·菲什曼(总裁,诺华机构生物医学研究),克里斯托弗·梅森(生理学和生物物理学系助理教授,研究院计算生物学,威尔康乃尔医学院)和迈克尔·waldholz(医学科普作家和媒体顾问)。

在基因组学和新技术在过去十年的发展进步给予生物学家工程师DNA,以执行特定功能的能力。这种新兴的科学,叫做合成生物学,对于许多应用具有巨大的潜力,实验已经进行重新编程藻类生产生物燃料,设计的细菌,可以感知和使用有毒物质,并利用活细胞来制造,可以是化合物作为药物使用。

合成生物学已经出现在与系统生物学平行的,但在许多方面的两门科学是紧密相连的。系统生物学改善我们在分子水平如何生物学功能的机制理解,合成生物学是生物学使用一路合成生物学新的生命形式采取这方面的知识,以新的方向推动生物,从合成分子。

在纽约市的螺旋中心,太阳城平台教授的公开圆桌讨论 赛义德tavazoie  和 安德烈卡利法诺  在讨论的系统和合成生物学的交叉点,并且这两个学科将在生物学和生物医学科学的发展,在未来几年内扮演的角色加入了一个专家小组。

Revers在g glucocorticoid resistance

使用以下用t-所有异种移植物在小鼠中的生物发光成像肿瘤负荷分析的代表性的例子。与任一MK2206或地塞米松治疗显示有限的功效,而联合治疗看到肿瘤细胞的几乎完全消除。

发表在纸 癌细胞,一组研究人员的带领下 阿道夫FERRANDO安德烈卡利法诺 在太阳城平台已经确定了蛋白激酶AKT作为用于治疗急性淋巴细胞白血病(ALL)逆转对糖皮质激素治疗的抗性的靶。