2015年新闻

埃利希的Yaniv
埃利希的Yaniv。照片:贾里德利兹。

新 文章在网上公布 自然遗传学 报告说,短串联重复序列,一个类,其中核苷酸碱基对的短的基序在一行中出现多次的遗传改变的,起到调节基因表达的作用。领导这项研究是 埃利希的Yaniv在计算机科学和纽约基因组中心的核心成员的太阳城平台系助理教授,谁最近加入 中心计算生物学和生物信息学.

作为 文章在哥伦比亚工程 解释说,该发现揭示了一类新的基因组调控。

彼得·模拟人生, 鹭夏皮拉和 哈里斯旺

副教授彼得·西姆斯,史记夏皮拉和哈里斯王最近搬进旨在促进新技术的生物和生物医学研究的发展系统生物学实验室空间的新部门。照片:林恩萨维尔。

系统生物学的太阳城平台部门开辟了新的实验研究中心专注于生物技术的发展。占据在太阳城平台医学中心的玛丽·拉斯克伍达德生物医学研究大楼一个半楼层,该设施将促进生物系统的研究和工程新的实验方法的设计和实施。这也将使哥伦比亚的新一代基因组测序能力的大幅扩张。

新工厂的第一居住者的系统生物学副教授部门的实验室 鹭夏皮拉, 彼得·模拟人生哈里斯旺, 随着 基因组测序和分析中心 的JP苏兹贝格哥伦比亚基因组中心。社区将于增长,因为目前未被占用的空间很快就会容纳更多的美国太阳城平台教授的实验室正在开发也是新的生物技术。

“技术驱动的科学,说:”系统生物学椅系 安德烈卡利法诺“,并设计新技术的能力使得能够回答的问题,没有人能。通过在同一物理位置将技术为重点的调查和基因组中心的测序基础设施一起,我们的目标是,新的拉斯克设施将给系统生物学的部门 - 以及整个太阳城平台研究团体 - 获得生物和独特的应用生物医学研究“。 

太阳城平台 iGEM Team 2015

太阳城平台2015年国际绿队(1-R):李赫逊,suppawat kongthong,张学友,肯尼亚贝莱斯,萨穆埃尔马加奇纳和教师主持人哈里斯旺。

基于团队的太阳城平台首次本科生参加了今年的 国际基因工程机器基金会(IGEM)竞争。通过系统生物学助理教授的部门监督 哈里斯旺,球队度过了今年夏天开发使用合成生物学的方法来设计,可以调节饥饿和消化细菌的食用,益生菌财团的项目。在9月,他们提出了他们的研究结果在马萨诸塞州的波士顿,在那里他们获得了银牌为自己的努力IGEM巨人露营。 (有关他们的项目更PVC门,看到 哥伦比亚IGEM队网站。)

“我认为这是梦幻般的,这个雄心勃勃的本科生组辛辛苦苦代表在这个国际舞台上太阳城平台,”博士说。旺。 “的哥有很大的本科院校之一,现在我们有兴趣的学生和教师的实验室,在合成生物学专业知识的临界质量,我们认为IGEM提供了一个宝贵的机会与竞争,在其他主要机构从球队学习。”

系统生物学中心计算生物学和生物信息学的部门很高兴地宣布三个太阳城平台教职员工新近加入我们的社区。淦鸿,塞缪尔·年。太阳城平台生物医学工程教授盛,现在是系统生物学的部门跨学科的教员。此外,埃利希的Yaniv和蝶鞍家伙现在是中心计算生物学和生物信息学(c2b2)的成员。他们除了部门和c2b2将带来新的专业知识,将有利于我们研究和教育活动,从领域,如纳米技术,生物信息学和进化基因组整合的观点。

Deep sequencing class

一个新的团队,教学课程涵盖了新一代测序的实验和分析基础。助理教授张李朝林领导在最近的类的讨论。照片:林恩萨维尔。

作为新一代测序的成本已经下降,这已成为整个生物医学研究的一个无处不在的和必不可少的工具。 DNA和RNA测序 - 与其他技术剖析的现象,如沿 从头 突变,蛋白质 - 核酸相互作用,染色质可访问性,核糖体的活性,和微小RNA丰度 - 现在使得能够观察在全基因组规模细胞功能的多个层。

无论是生物学家的选民调查的地区,这种方法使人们有可能去探索许多令人振奋的新类型的问题。在同一时间,但是,它也发生了巨大改变,年轻的科学家们需要为了参加前沿的生物研究开发的专业知识。使学生达到速度与新一代测序变革的步伐已经带来了教育工作者一个特别的挑战。

现在,通过系统生物学的太阳城平台部门组织一个新的多学科,研究生水平的课程让年轻的研究者开始将这些强大的新工具,为他们的学习和今后的研究。通过助理教授设计 沉宇峰, 彼得·模拟人生 李朝林张,课程涵盖了新一代测序和分析,这种技术产生的巨大数据集主要统计方法的实验原理。在这种方式,使学生在那些更先进的研究生课程,以及为开始应用深度测序技术,以调查他们热衷于追求问题的能力的关键原则功底。

作为博士。西姆斯解释说,“无论你是在系统生物学,生物化学,微生物学或毕业的学生,​​您打算做新一代测序的几率是相当高的。在同一时间,它是完全没有在本科层次教。没有文字的书也没有在一个典型的本科生物课程随时进入这个在任何细节。即使在顶尖大学的学生进入研究生院,而无需任何与它的经验,而且往往他们预计将直接跳转至这方面的研究。我们决定,这是我们必须解决的一个问题。”

二○一五年十月二十○日

系统生物学系宣布2015-2016系列研讨会

Calendar

系统生物学系很高兴地宣布扬声器在其2015 - 2016年系列研讨会。研讨会系列以一组不同的领域,包括干细胞分化,调节基因组学,病毒与宿主相互作用,进化基因组,癌症基因组学,RNA生物学和转座子生物学的工作主要调查员。请保存日期!

所有活动将在系统生物学的普通房间(ICRC 816)处进行,除非另有说明。将于下列因为他们成为可用的链接提供有关这些事件的更多细节。

为系统生物学事件的所有部门的不断更新的日历,以及查看过去的研讨会存档,请访问 www.robbsalon.com/events.

Breast cancer cells

癌性乳腺组织的组织学载玻片。粉红色的“河道”是正常的结缔组织而染成蓝色区域是癌细胞。 (来源:美国国家癌症研究所)

在太阳城平台医学中心和医学在西奈山伊坎学校调查发现,驱动特定类型的高度侵袭性乳腺癌的分子信号传导机制。如报告 一纸 Genes & Development一队由领导 荷西西瓦安德烈卡利法诺 确定基因 STAT3 是乳腺肿瘤缺乏激素受体,但测试的正面为人类表皮生长受体2(HR-/ HER2 +)的主要调节剂。研究人员还包括表征途径 IL-6, JAK2, STAT3S100A8 / 9 - 作为对HR-/ HER2 +肿瘤细胞的生存至关重要 - 已经知道的免疫反应中发挥重要作用的基因。额外的测试表明,这干扰了这个途径严重限制了这些细胞的存活能力。

这些发现是特别令人兴奋,因为研究人员鉴别的路径包含其中已知FDA批准的药物存在多个目标。本文报道说,当这些药物在疾病模型进行了测试,癌细胞出现了大幅度的响应,这对于HR-/ HER2 +癌症亚型的治疗有希望的战略。一种 临床试验 目前正在进行调查在人类中这些方法的效果。

赛义德tavazoie赛义德tavazoie在系统生物学的太阳城平台系教授,先后被评为的接收者 卫生变革科研奖的2015年国家机构。该赠款将支持研究开发全面绘图和建模细胞内的所有成对分子相互作用的国家的最先进的实验和计算方法。 

变革性研究奖是美国国立卫生研究院共同基金的高风险,高回报的研究计划,该计划提供了关键的资金,它可以识别为特别创作的科学家和谁提出了特别的创新方法来解决生物医学研究关键问题的一部分。变革科研奖,旨在支持那些使用非常规的和未经考验的方法和视角,但表现出巨大的潜力,创造或颠覆基本的范例项目。

凯尔佳佳凯尔佳佳在系统生物学和最近的太阳城平台部门系统生物学研究员 优胜者 健康早期独立裁决的国家机构中,是本周精选 博客文章由NIH院长弗朗西斯·柯林斯撰写。文章强调博士。 Allison的使用基于系统生物学方法的不断努力来了解细菌的持久性,这种现象在临床上常可导致危险的,难以管理的感染。

在这里阅读完整的帖子: 创造性思维:寻找到慢性感染的解决方案.

奥利弗霍伯特
奥利弗霍伯特

奥利弗霍伯特,系统生物学部门的一个跨学科的教员,已经收到了贾维茨神经科学家奖由神经紊乱和中风研究所(NINDS)的国家机构。这个著名的赠款对谁表明其整个职业生涯杰出成就调查的长期支持。该奖项将使霍伯特实验室去追求一个新的项目调查的神经元身份的规定基于性别的差异。

也有生物化学和分子生物物理学的教授的调查员 霍华德休斯医学研究所博士。霍伯特是著名的用他的研究 C。线虫 要明白,控制神经系统内细胞类型分化的分子的程序。 C。线虫 已经成为,因为它包含刚刚超过300元,其发展的很详细了研究研究神经系统的宝贵的模式生物。

最近,电子显微镜用于神经系统中男性和雌雄同体蠕虫进行比较,结果显示,一些这些神经元存在于男女双方。有趣的是,研究人员发现,即使这些神经元有一脉相承的历史,位置,形态和分子特征,有在两性之间突触形成的图案引人注目的分歧。新的资助下,在霍伯特实验室将试图确定控制这种分歧的机制。该项目不仅要产生的神经元的身份,将支持这种现象将来的调查基于性别的差异,但也有新的资源,更加深入的理解。

的贾维茨神经研究者奖获奖者是由NINDS工作人员和国家咨询神经症和中风协会(与非门)的成员提名。补助金承认资助者在神经科学是领导谁已经高生产力或贡献了颠覆性的想法。通过支持研究者4-7年,补助也预计在年内高生产率来。 

Alex Lachmann
他的介绍与RNA-seq的期间亚历克斯拉赫曼“新兵训练营”。

在2015年6月,系统生物学的太阳城平台举行部门五部分的系列讲座侧重于生物研究RNA-seq的先进应用。涉及的主题会谈如使用RNA-SEQ的用于研究单个细胞,RNA测序实验设计,用于分析RNA测序数据的统计方法,和RNA测序的分子相互作用网络的预测的利用率之间的异质性。演讲者和组织者已经编制的讲义和学习资料清单为希望了解更多的。点击以下链接了解更多信息。

DeMAND graphical abstract
通过分析基因表达的特定疾病模式药物引起的变化,一个叫需求的新算法识别参与实施药物的作用的基因。该方法可帮助预测不良脱靶相互作用,建议调节药物的活动方式,并确定美国FDA批准的药物,在药物开发的三个关键的挑战新的治疗用途。

研究人员在系统生物学的太阳城平台部门已经制定 用于确定动作的药物的机制的有效和准确的方法 - 通过它产生其药理学作用的细胞机制。考虑到大多数药物,包括广泛使用的,法案并不完全是在分子水平上理解的方式,这一成就解决了药物开发的主要挑战。新办法还适用于改善药物的有效性,更好地识别联合治疗,并避免危险药物引起的副作用很大的潜力。

根据 安德烈卡利法诺化工系统生物学和共同资深作者在研究的克莱德和海伦武教授,“这种新方法能够首次生成负责执行或调节活性的蛋白质的基因组范围的足迹的药物。该方法的精确度也得到了最令人惊讶的结果,与所识别的蛋白质通过实验分析确认的80%“。

Nathan Johns 和 Antonio Gomes

在旺实验室弥敦道约翰和安东尼奥·戈麦斯获得今年的杰出海报奖。

在2015年6月5日,大约150个教职工,博士后和研究生从系统生物学的太阳城平台系学生聚集在纽约Tarrytown的塔潘山的豪宅,用于填充照明演讲和对话的日子。会议已经成为了今年该部门的一个高点,提供了一个宽松的环境中进行社交,了解一些最新的方法和发现其他实验室的出现。

PhenoGraph

phenograph,在戴纳·佩尔的实验室开发出了新的算法,证明能够准确地识别AML干细胞,减少高维单细胞块术数据到可解释的二维曲线图。戴纳·佩尔的形象礼貌。

已经从最近的癌症研究出现了一个关键问题是,如何处理数百万个细胞组成的单个肿瘤中发现的巨大异质性。科学家现在知道,并不是所有的肿瘤细胞都是一样的,即使在一个单独的,而且这些细胞多样化亚群,各自有独特的性能,或表型。特别感兴趣的是癌症干细胞,其通常与现有的癌症疗法抗性并导致复发和治疗后的癌症复发。寻找更好的方法来区分和癌细胞的其他亚群表征癌症干细胞因此成为一个重要的目标,因为一旦这些细胞被鉴定,其脆弱性可以与开发更好的,持久的癌症治疗的目的研究。

刚刚在网上发表的论文 细胞, 在太阳城平台的实验室研究人员 戴纳·佩尔 和斯坦福大学的 加里·诺兰 描述了需要向应对这一挑战的一个重要步骤的新方法。作为博士。 pe'er解释说,“生物已经到了一个地步,我们突然意识到有比我们想象的可能更多的细胞类型。在本文中,我们已经创建了一种算法,能够以完全自动的和无监督的方式非常鲁棒地识别这样的亚群,在高维的单细胞数据纯粹基于。这种新方法可以发现,我们以前从未见过的许多新的细胞亚群“。

Monthly disease risk

哥伦比亚科学家们使用的170万名纽约市病人的电子记录映射出生月份与发病率之间的统计关系。尼古拉斯·塔通蒂的形象礼貌。

太阳城平台医学中心的报告 就在一项新的研究 美国医学信息协会杂志 由...领着 尼古拉斯·塔通蒂,也是在助理教授 系统生物学系.

美国太阳城平台的科学家已经开发研究出生月份和疾病风险之间的关系的计算方法。研究人员利用该算法考察纽约市的医疗数据库,发现55种疾病与出生季节有关。总体而言,研究表明5月出生的人具有最低的疾病的风险,而那些出生在十月的最高水平。这项研究是在本周公布 美国医学信息协会杂志.

“这个数据可以帮助科学家发现新的疾病的危险因素,说:”这项研究的高级作者 尼古拉斯·塔通蒂博士,生物医学信息学在太阳城平台医学中心(CUMC)和太阳城平台的助理教授 数据科学研究所。研究人员计划从美国的其他几个地点复制他们的数据研究和国外看到的结果如何随季节和环境因素在这些地方的变化而变化。通过识别什么是由出生月份引起疾病的差异,研究人员希望弄清楚他们如何缩小差距。

Tracking clones

鉴定对捐献肾组织反应的T细胞克隆后 体外在玉峰沉实验室开发的新的计算方法被用来跟踪以下器官移植的频率。这些发现有助于预测移植排斥或耐受性。

当病人接受肾移植,一场战斗往往随之而来。在许多情况下,接受者的免疫系统识别移植肾的外来入侵者,并装有一个积极的T细胞反应,消除它,从而导致各种破坏性的副作用。减少并发症,许多移植受者接受抑制免疫反应的药物。这些都有自己的后果,但是,因为它们可以导致感染的风险增加。由于这些原因,科学家们一直在努力更好地了解决定移植免疫耐受和排斥的生物学机制。这方面的知识可能会提高医师的免疫系统配置文件预测器官移植的可行性,并提供基于个别患者免疫抑制剂的最佳方法的能力。

沉宇峰在系统生物学的太阳城平台系的助理教授, JP苏兹贝格哥伦比亚基因组中心, 和...一起 梅根·赛克斯,主任 哥伦比亚中心平移免疫学 在医生和外科医生的太阳城平台,最近采取了向这一目标迈进了令人鼓舞的一步。在 发表在纸 科学转化医学他们报告说,具体的抗性供体T细胞克隆的移植接受者的缺失可以支持一个新的肾脏的耐受性。这一发现的关键是由沉实验室,这使得它可以跟踪罕见的T细胞克隆的频率发展,以及如何它们的频率改变移植后的一种新的计算基因组学方法的发展。本文提出了理解移植排斥的原因,既有总体战略确定的生物标志物用于预测的移植接受者将如何容忍一个新的肾脏的一种手段。

Topology of cancer

癌症的演变和异质性的拓扑太阳城平台中心将结合从全新的单细胞实验技术拓扑数据分析的数学方法来研究实体瘤细胞的多样性。罗尔·拉巴丹的形象礼貌。

美国国家癌症研究所的 在肿瘤学物理科学 计划已宣布设在太阳城平台的研究和教育一个新的中心的创建。该 中心癌症发展和异质性的拓扑 将开发和利用创新的数学和实验技术,探讨如何多样性的遗传组成的实体瘤细胞出现。这样就会解决面临的癌症研究在精密医学时代的主要挑战 - 如何肿瘤是负责其生长,蔓延,对治疗性内识别克隆变种。最终,中心开发的策略可以被用于识别疾病和新的治疗策略的更有效的生物标志物。

Gut-Brain Microbiota
从海军研究办公室赠款将支持三种基本合成生物学技术的发展对工程人体肠道菌群。

哈里斯旺在系统生物学的太阳城平台系助理教授,已被选定为海军研究2015年青年调查程序的办公室。这种高度选择性的方案促进早期职业学术界的科学家,其研究表明,卓越的承诺和创造力的发展。与支持这个奖项,博士。王将在合成生物学领域的延伸,他的研究,开发新技术,为工程的肠道微生物,栖息在人体消化系统的细菌的生态系统。这些新方法,王预计,可以提供设计不同微生物物种的社区和最终调节肠道,免疫系统和大脑之间的相互作用的新方法。

二零一五年四月三十零日

罗德尼罗斯坦当选为国家科学院

罗德尼罗斯坦
罗德尼罗斯坦

系统生物学的太阳城平台部门祝贺 罗德尼罗斯坦 当选为科学国家科学院。在NAS是杰出的学者的一个私人,非盈利性的社会,提供相关的科学和技术问题的独立,客观的建议向全国。当选为NAS科学家们通过他们的同龄人,以表彰他们杰出的和原创性的研究成果继续选择。

Comorbidity between Mendelian disease 和 cancer
研究人员在rabadan实验室已发现,孟德尔疾病和癌症之间的共病可导致从共享遗传因素。

遗传性疾病可以以各种不同的方式产生。孟德尔疾病,例如,当出现单基因特异性突变 - 所谓的种系突变 - 从一方的父母双方的遗传。孟德尔疾病的众所周知的实例包括囊性纤维化,镰状细胞病,和杜氏肌营养不良症。其它遗传性疾病,包括癌症,自体细胞突变,其中一个人的寿命期间发生在单个细胞的结果。因为孟德尔疾病和癌症的遗传起源是如此不同,它们通常被理解为不同的现象。然而,科学家在系统生物学的太阳城平台部门已经发现的证据表明,有可能是他们之间的有趣的遗传联系。 

论文刚刚发表在 自然通讯,博士后研究员 雷切尔·梅拉梅德 和副教授的实验室同事 罗尔·拉巴丹 对使用知识约孟德尔疾病的建议与癌症有关的基因突变的新方法报告。该研究采用的电子健康记录代表超过110万患者,我们的居民有相当比例的海量藏书的优势。作者表明,孟德尔疾病和癌症,被称为共病的临床共生,可绑在这两种疾病中发挥作用的基因变化。纸张还识别孟德尔疾病和癌症黑色素瘤和胶质母细胞瘤之间的几个特定的​​关系。

Some factors in the expo some

在exposome合并因素,如我们所居住环境,我们所吃的食物,我们服用的药物。

虽然基因组学极大地提高了人类某些遗传性疾病的分子起源的了解,我们的健康也被暴露在我们周围环境的影响。在食物,空气和水的污染,和处方药中发现的分子,例如,在高度个性化的方式,我们的身体内的遗传,分子和生理特性的交互。这些关系的性质是决定谁是幸免于这样的暴露和谁,因为他们生病重要。

在过去,研究这种接口的方法已经由于问题的复杂性的限制。毕竟,我们怎么能可能交叉引用在任何一种有意义的方式个体基因图谱曝光一生的价值?然而,最近在与环境有关的,健康的定量数据,以及遗传学的产生爆炸 - 基于机器学习和生物信息学的新计算方法以及 - 使这个景观成熟的探索。

在今年的 西南偏南互动节 在得克萨斯州奥斯汀,系统生物学助理教授系 尼古拉斯·塔通蒂 和他的合作者 CHIRAG帕特尔 (哈佛医学院)讨论了“大数据”的方式提供调查这一景观的显着新的机遇。驾驶tatonetti和帕特尔的做法是一个叫做exposome概念。首先由克里斯托弗·野(利兹大学)在2005年提出的,一个exposome代表所有的环境暴露一个人他或她的一生中经历的是可以发挥慢性疾病的发生作用的。 tatonetti和CHIRAG的演讲强调了exposome的调查是如何变得温顺,以及个人在支持这项努力中发挥的重要作用。

在随后的采访中,博士。 tatonetti讨论了一些他的团队使用探索exposome的方法,并且该项目是如何进化出他以前的研究。

ALK-negative ALCL mutation map
地图在ALK阴性间变性大细胞淋巴瘤的突变观察到的。 (来源:博士rabadan)

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患者的基因组的首次系统的研究与ALK阴性 间变性大细胞淋巴瘤 (ALCL),非何杰金氏淋巴瘤(NHL)的一个特别进取的形式,示出了该疾病的许多病例是由改变在JAK / STAT3细胞信号传导途径被驱动。该研究还表明,在人源性肿瘤ALCL植入小鼠,这种疾病可以通过针对这一途径的化合物,提高的更有效的治疗可能很快被开发的希望受到抑制。这项研究中,研究人员在太阳城平台医学中心(CUMC)和威尔为首Cornell医学院,今天发表在网络版 癌细胞.

Gut bacteria

由戴维·格雷戈里和黛比·马歇尔,惠康图像的照片。 

近期深度测序的研究提供了人类微生物,居住在肠道细菌种类的不同集合的基因组成的一个越来越详细的图片。在同一时间,然而,鲜为人知的是,这些殖民地的动态,特别是为什么某些微生物菌种在同一环境中胜出他人。在 杂志上发表的一篇新论文 分子系统生物学,系统生物学助理教授系 哈里斯旺, 与合作 格奥尔格·格伯 研究人员在哈佛大学,他们的使用功能宏基因组学来识别共生细菌基因组,给他们一个进化适应性优势内基因第一种方法的发展报告。

Bacterial evolutionary relationships

赫尔曼拉普拉塔和丹尼斯vitkup的形象礼貌。

哥伦比亚新​​闻 刚刚发表的一篇文章 通过覆盖副教授最近的研究 丹尼斯vitkup 和博士后研究员 赫尔曼普拉塔 使用细菌代谢的模拟作为研究的表型如何适应和进化的跨时间尺度多样化镜头。文章报道:

尽管他们无处不在,微生物进化的适应往往具有挑战性的研究,部分原因是由于在实验室日益增长的多样化的细菌的难度。 “大概不到十细菌真的很好,在实验室研究,” vitkup说。

写在日记 性质 今年一月,vitkup和普拉塔应用的计算工具,通过模拟代谢超过300个细菌种类,涵盖了生活的全部微生物树调查细菌的进化适应。

安德烈卡利法诺 和 ARIS floratos
安德烈卡利法诺和ARIS floratos会导致努力在重新分类根据自己的主监管TCGA编目肿瘤。

安德烈卡利法诺ARIS floratos在系统生物学的太阳城平台系教师,已经收到了两年,$六十二万四千二百三十六转包发展成癌症亚型的新分类系统。该协议通过转包从leidos生物医学研究,INC。,经营为癌症研究联邦政府弗雷德里克国家实验室颁发。  

通过从癌症基因组图谱(TCGA)和来自美国国家癌症研究所的临床蛋白质组学肿瘤分析财团(cptac)蛋白质组数据进行基因组数据的综合分析,研究人员计划基于该确定主调节基因来重新分类在TCGA收集肿瘤他们的状态。这是相对于根据反映组织谱系和增殖过程的基因的表达的其他方法。此外,车队将各肿瘤样品的遗传学链接到特定的主调节器使用确定其状态 最近公布的新颖的算法(diggit)。最终,该项目旨在提供泛癌症亚型的更有用的目录,可以帮助识别生物标志物和治疗靶点特定类型的肿瘤,并最终提供资源,指导下一代精度药。

“我们必须重新评估我们的亚型内的肿瘤组织,使用这两种基因表达数据和突变数据的方式,说:”博士。卡利法诺。 “目前常用的方法是基于被亚型之间差异表达的比较通用的基因肿瘤类型进行分类。但大多数这些基因发挥实际驾驶的疾病没有任何作用。我们要转移重点和分类基础上,真正的调节肿瘤状态和生存的基因的肿瘤。”

哈里斯旺

哈里斯旺在系统生物学和病理学和细胞生物学系的太阳城平台系助理教授,已选择接收 2015年阿尔弗雷德页。斯隆基金会研究奖学金 在计算和进化的分子生物学。这两年,$ 50,000个赠款将支持结合了合成生物学和计算生物学方法来研究基因转移如何水平有利于微生物的发展工作。

自1955年以来,斯隆研究金方案的支持,以表彰他们的成就和他们的潜力的优秀早期职业科学家,使他们的领域做出重要贡献。 今年的家伙 包括126个调查,并在计算和进化分子生物学领域12个获奖。在获奖代表其他学科包括化学,计算机科学,经济学,数学,神经科学,海洋科学和物理学。

希内克wichterleJP苏兹贝格哥伦比亚基因组中心 很高兴地宣布, 希内克wichterle 已被任命为副主任。在这个岗位上,他将建议对干细胞相关的项目,并协调省干细胞基金和太阳城平台基因组中心的相互作用 高通量筛选设备.

In addition to his position at the 太阳城平台基因组中心, Dr. Wichterle is also an associate professor holding a joint appointment in the Departments of Pathology & Cell Biology and Neuroscience (in Neurology) at 太阳城平台医学中心. He received his MS degree from Charles University in Prague and his PhD degree from 该 Rockefeller University. He trained at 太阳城平台, w这里 he became assistant professor in 2004 and associate professor in 2012. He serves as a co-director of the Columbia Stem 细胞 在itiative 和 as a Vice-Chief of the Division of Regenerative Medicine in the Department of Rehabilitation & Regenerative Medicine.

博士。 wichterle开发开创性方法在培养皿中产生由多能胚胎干细胞的脊髓神经元。过程中忠实地重演胚胎发育正常,提供了一个独特的机会,在受控环境中的胚胎以外的研究和实验探测神经细胞。他使用该系统来控制基因神经元分化和功能的重要转录程序进行解码。他的实验室也大写脊髓神经元的无限来源,研究运动神经元退行性疾病,如肌萎缩侧索硬化症(ALS或卢伽雷氏病),以发现新的药物,这些目前无法治愈的,毁灭性的条件的目标上。

Autism Spectrum Disorders Genetic Network

孤独症相关的基因网络。 (来源:丹尼斯vitkup)

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患有自闭症的人有一个广泛的症状,有没有两个人共享行为的确切类型和严重程度。现在数百名患者和近1000个基因的大规模分析已经开始揭示如何特质的多样性可以追溯到在患者的基因突变的差异。这项研究中,研究人员在太阳城平台医学中心进行的, 出版(分解)。在日记22 自然神经科学.

自闭症研究人员已经确定数百个基因突变时,可能会增加患自闭症谱系障碍(ASD)的风险。很多人用ASD中的变异被认为从潜在的遗传变化,包括突变的特定基因和突变的严重程度的多样性干。

“如果我们能够了解不同的突变如何导致ASD的不同特点,我们也许能够使用患者的基因图谱制定准确的诊断和预后工具,也许个性化治疗,说:”资深作家 丹尼斯vitkup, PhD, associate professor of systems biology 和 biomedical informatics at 太阳城平台’s College of Physicians & Surgeons.

Sequence of genomic alterations in CLL表示在慢性淋巴细胞性白血病(CLL)基因组改变的序列的曲线图。每个节点代表的突变,用箭头指示在它们之间的时间关系。节点的大小指示的病人谁表现出的变化研究中的数,而线条的粗细显示节点之间的时间关系多久,看到。研究人员使用的方法使他们在CLL识别多个不同的进化模式。

生物学家已经获得了更好地了解癌症,它已经很清楚,肿瘤往往是由一个单一的突变没有驱动,而是由一系列对应于癌症发展的特定阶段的遗传变化。在这个意义上说,肿瘤在不断地发展,与怀有独特的突变以不同的速度取决于他们的体能对特定疾病状态相乘,细胞的不同群体。为更有效的癌症诊断和治疗将继续搜索,一个关键问题是如何理清其中突变发生,以了解肿瘤如何随时间变化的顺序。能预测出肿瘤的行为根据疾病的病程早期看到可以使新的诊断,可以更好地了解治疗计划发展的迹象。

论文只是发表在杂志上网上生活,一队调查人员领导的系统生物学副教授部门 罗尔·拉巴丹 太阳城平台应对这一挑战一个新的计算策略报告。它们的骨架,称为肿瘤进化有向图(tedg),从大量的患者考虑来自肿瘤样品下一代测序数据。使用tedg分析癌细胞在患者的慢性淋巴细胞白血病(CLL),他们能够开发的疾病的突变景观从最初开始是如何改变其晚期的典范。他们的研究结果表明,CLL可能不是一个单一的进化道路而造成的,但可以以其他的方式演变。