2016个新闻

Regulators of mesenchymal GBM subtype

肿瘤oncotecture的一个例子。涉及间充质成胶质细胞瘤亚型的活化转录因子示于紫色。在一起,它们包括紧密的肿瘤的检查点,控制高级别胶质瘤的间充质签名的基因的74%。 CEBP(β两者和δ亚单位)和STAT3调节在肿瘤的检查点的其他三种转录因子,协同调节的间充质GBM细胞的状态。 (图片: 自然癌症综述)

发表在详细的透视文章 自然癌症综述,系统生物学椅系 安德烈卡利法诺 研究科学家马里亚诺·阿尔瓦雷斯(darwinhealth)比总结10年的工作更提出一个通用的,独立的肿瘤“oncotecture”,始终在分子水平上确定癌症的存在。他们的研究结果,他们认为,指示标识和针对高度保守的,称为主监管机构必需的蛋白质 - 的而不是引发癌症已经成为许多癌症研究的焦点广泛多样的遗传和后天的改变 - 可以提供分类的有效途径和治疗疾病。

作为纸覆盖 经济学家 报告:

近几十年来最重要的医学见解之一是癌症由基因突变引起的。兑现有识之士在临床上,以改善治疗,已,然而,已经很难。 2600例患者的医学博士最近的一项研究在得克萨斯州休斯敦安德森癌症中心,表明遗传分析只允许6.4%的那些患有与在视为负责突变专门针对药物配对的。其原因是,目前只有少数几个常见癌症引发的突变和药物来对付他们。其他触发突变虽多,但稀土如此罕见,给予药物发现的经济学不治疗也不知道,是一个容易被追捧。 

事实如这些都导致许多癌症生物学家质疑基因为首的角度来理解和治疗癌症多么有用实际上是。有的已经不是单纯的质疑走得更远。一个这样的是太阳城平台的安德烈卡利法诺,在纽约举行。他指出,不论触发突变的,的图案基因表达和相关蛋白的活性,即维持肿瘤是,对于给定类型的癌症,因患者几乎相同。有识之士提供了出发点不同的方法来寻找药物开发的目标。原则上,它应该是简单的小数字,直接癌细胞的行为不是与无数的方法,其中,癌症可以在第一时间被触发蛋白质的干扰。 (阅读全文。)

系统生物学生物工程学家王哈里斯部门介绍了人类基因组计划的目标 - 写(HGP写),属国际首创,开发新技术从头开始合成非常大的基因组。 

在2016年6月,合成生物学家,行业领袖,伦理学家,和其他人组成的财团  发表在提案 科学 呼吁协调努力,合成大基因组,其中包括在细胞系中一个完整的人类基因组。该项目的组织者,称为 GP-写 (在模式生物和植物的工作),有时HGP写(在人类细胞系的工作),想象它的后继人类基因组计划(追溯称为HGP读),在DNA 25年前推动的快速发展测序技术。作为阅读基因组的能力变得更高效,更便宜,这反过来又使我们如何学习生物学,并试图改善人类的健康革命。现在,通过协调新技术的发展,为在全基因组规模写作DNA,GP-写的目的是有一个类似的革命性影响。

该论文的作者之中是 弗吉尼亚州康沃尔 和 哈里斯旺,系统生物学,其工程生物学领域的贡献有部分取得想象写大规模DNA序列的理念的太阳城平台部门的两名成员。我们与他们交谈进一步了解GP-写希望能够完成,其潜在的好处,以及如何努力发展。

PrePPI inputs
preppi预测的可能性,两种蛋白质a和b是能够基于它们的相似性对已知相互作用的其它蛋白质相互作用。这需要集成结构数据(绿色),以及其他种类的信息(蓝色),例如在其他物种的蛋白共活性的证据,以及在类似的细胞功能的参与。 preppi现在提供了前所未有的范围的可搜索的数据库,构成人体细胞的所有蛋白质的相互作用组虚。 (图像礼貌 网上生活。) 

每一个活细胞内的分子机制包括位于许多不同水平的功能部件的巨大数量。像基因组序列,基因表达,蛋白质组谱,和染色质状态的功能都在这个复杂的系统至关重要,但研究一个水平往往不足以解释为什么细胞表现他们的方式。因为这个原因,系统生物学致力于整合不同类型的数据,制定全面的模型,更全面地描述了引起生物性状相互作用的网络。 

尽管交互网络的概念似乎抽象,在其基础上的每个交互是发生在两个蛋白彼此相遇,结合,并造成影响细胞的活性变化的物理事件。为了让这种情况的发生,但是,他们需要有兼容的形状和物理性能。能够预测可能的配对蛋白质 - 蛋白质相互作用的整个宇宙,因此可能是系统生物学的极其宝贵的,因为它可能既用于解释由其他方法提出相互作用的可行性提供了一个框架,并可能揭示网络,其他方法的独特功能可能会错过。 

2012年纸 性质科学家在实验室 巴里霍尼格 首次提出具有里程碑意义的算法和数据库他们叫 preppi(预测蛋白 - 蛋白相互作用)。在当时,preppi使用时与实验产生相比资源用于部署来自结构生物学概念来预测大约300,000蛋白质 - 蛋白质相互作用,在可用的交互的数量的显着增加一个新的计算的策略。

自那时起,霍尼格实验室一直在努力改善preppi的范围和实用性。在 论文近期发表在网上生活 他们现在的一些令人印象深刻的发展情况。以增强他们的算法,并引入了一些新的类型的数据纳入其分析中,preppi数据库现在包含超过135万点的预测蛋白质 - 蛋白质相互作用的,覆盖整个人类蛋白质组的约85%。这使得它的种类最大的资源。在这些改进的同时,研究者也开始以新的方式申请preppi,用它包含提供新的见解种的成蛋白质相互作用网络的组织和功能的信息。

Cell Types in Autism

通过发明一种新的计算管线叫赔偿,李朝林张某和沉宇峰发现,对剧情的左脑细胞类型更容易比细胞类型在合适的罕见自闭症风险突变。集中焦点于这些类型的细胞也有助于确定涉及单倍剂量不足的障碍的分子信号。数字: 人类基因突变.

孤独症,儿童早期通常被确定神经发育障碍的频谱,被广泛认为是改变增长的大脑是有线的基因改变的结果。然而,尽管自闭症遗传学领域的巨大努力,那个地方一个孩子在比另一个更大的风险的具体变化仍遥遥无期。虽然与孤独症相关联的改造的名单还在不断增加,它已经很难分辨得出结论那些真正从那些仅仅与它一致增加疾病风险。一个令人不安的原因是,研究迄今似乎表明与自闭症风险有关特定遗传异常是极为罕见的,许多被发现仅在单患者。这使得它很难重现的调查结果得出结论。

论文近日发表在杂志 人类基因突变,系统生物学教师的部门 李朝林张沉宇峰 描述的方法和一些新的发现,可能有助于更准确地识别罕见的自闭症驾驶的改变。一个新的分析流水线他们称之为损害(使用基因表达签名疾病相关的突变分析)用来识别自闭症风险基因的独特方法,更确切的说是有机制,以专注看着大脑中的不同细胞类型中基因表达的差异可能相关的自闭症。使用该方法,他们确定由因单倍剂量不足,一种类型的遗传改变的,导致在特定的蛋白质的表达的显着下降疾病风险基因共享一个显着的分子签名。

Classroom

系统生物学系很高兴地宣布与太阳城平台的一个新的伙伴关系 专业研究学院 提供系统生物学poSTbaccalaureate教育。第一期培训班,题为 系统生物学:蓝图21ST 世纪科学革命,现在接受注册用于弹簧2017学期。

新课程将提供系统生物学是如何帮助解决当今生物医学研究的重大挑战,它实际上可以有望实现的硕士层次的概述,以及它承诺有最显著的影响。结合关键的阅读,讨论,教程,演示,项目和其他活动,该课程是专为有兴趣在整个科学理解系统生物学的影响 - 包括它是如何影响等领域的精密药,疫苗和抗生素的发展,农业,科技政策,和调节。

彼得·模拟人生 & Jinzhou Yuan

助理教授彼得·西姆斯和博士后研究员锦州元显示他们对自动化单细胞转录组测序平台。照片:林恩萨维尔。

RNA测序(RNA-seq的)已经成为主力技术在系统生物学研究。不像基因组测序,揭示样品的DNA蓝图,RNA-seq的编目不断变化的转录;也就是说,它逐条列出并量化成套信使RNA转录存在于细胞在特定时间和特定条件下的。这样,转录组测序能够研究如何在基因组编码的信息功能转化为可观察到的特征,以及用于定义和比较不同的生物状态提供了宝贵的数据。

常规RNA-SEQ产生mRNA丰度的在所有细胞的样品中的平均摘要。最近的研究,但是,创造了能够在单细胞水平产生mRNA分布型的更高分辨率的技术需求。在癌症生物学,例如,有一个日益尖锐认识到在构成恶性肿瘤细胞的基因表达是高度异质性。这表明,为了理解细胞如何共同促成肿瘤的癌细胞的行为,科学家需要表征,其中它是由细胞组成的整个生态环境更好的方法。能够量化的细胞基因表达细胞差异可能是探讨这样复杂的环境,并了解他们是如何维持恶性一个有价值的方法。

虽然有几个单细胞转录组测序技术已经在过去两年中已经亮相,他们是昂贵的操作,而不是优化生产上所需的系统生物学的研究,特别是在组织标本细胞数量有限规模的数据。在 新的纸张刚刚发表在杂志 科学报告然而,研究人员在系统生物学助理教授系实验室 彼得·模拟人生 描述了一种新的办法,比其他现有的方法提供了几个重要的优点。

新的,自动化平台建立在所述SIMS实验室以前的创新提供以同时从单一组织样品测量数千个单独细胞的基因表达一种廉价,高效,可靠的方式。使用定制设计的微孔板,微流体,温度控制系统和软件,该技术捕获,标记,并产生在每一个小区中的完整的转录组的读出,从而提供随后可被分析以区分在小区之间的功能多样性的健壮数据样品。目前,该技术正在发挥系统生物学部门正在开展的几个研究项目中起关键作用,并承诺为单细胞基因组学领域的不断发展,以变得更加强大。

Swarmbots

在最近的一次  出版于 分子系统生物学,锦梁描述了包括在其内被嵌入了“微生物swarmbot”,其由可渗透水凝胶壳分离的腔室的双隔室微流体装置。与lingchong你(杜克大学)协作,梁中使用的设备来调节含有基因工程化开关,其反应以人口尺寸细菌群体的动态。在面板1的比例尺条为250微米的长度。

有一种不安的好奇心, 鸿锦 似乎总是在寻找新的问题需要解决。一个多功能的生物医学工程师最初在化学工程的训练,他开发的,在生物医学研究和药物传递开辟了新的机会,创新的纳米技术的一系列令人印象深刻。 

他的设计中,最广为人知是由于他在麻省理工学院的罗伯特·兰格实验室的博士后工作。而有,施在gliadel,使用生物可降解的聚合物颗粒以提供抗癌药物至脑肿瘤部位手术后的控释疗法的发展中发挥了关键作用。从那时起他的名字已经出现在超过70项专利涉及范围广泛的发明 - 从微流体技术,为支架用于生长有机组织,到纳米级的荧光探针,涉及使用纳米颗粒,而不是病毒用于基因治疗的口服递送的方法。这些成就为他赢得了广泛的尊重工程领域内的,就证明了他的2013竞选双方工程国家科学院和发明者的美国国家科学院。

博士。梁静茹在2014年加入太阳城平台虽然他的主要加入与 生物医学工程系,他也承担在系统生物学部门跨学科的教师任职的机会所吸引。因为他的到来,他一直致力于开发在太阳城平台医学中心与几个系统生物学教师的合作以及其他科学家,并正在计划为他的实验室迁入 拉斯克医学研究大楼 更好地促进与系统生物学和临床研究者的互动。在随后的采访中,梁静茹介绍为什么机会与其他学科的科学家互动是对他的工作很重要,而且该种他已经开发可能是相关的系统生物学研究,以及为提高治疗人类疾病的技术如何。

Best PoSTer Winners
在今年的撤退亚历山大谢,ROTEM鲁宾斯坦,锦州元,继光王(顺时针从左上角)命名的最佳海报比赛的优胜者。

在2016年9月15日,系统生物学的太阳城平台部门的成员聚集在纽约Tarrytown的部门的年度务虚会。虽然俯瞰哈得逊河宁静的环境很熟悉,事件的时间是新的,正在发生的第一次在学年的开始,使研究生一年级的学生,因为他们开始学习成为熟悉的部门。科学讲座,海报会议和非正式谈话充裕的时间一整天,撤退提供了该部门的实验室不同的研究正在发生的最高最新的调查。

在介绍性发言,系主任 安德烈卡利法诺 庆祝撤退作为一种重要的年度会议,提供接着他介绍了该部门最近的事态发展的最新简报“一个机会让我们集思广益,想想我们是什么作为一个社区。” - 包括跨学科的协作性质及其研究,其越来越注重技术开发,其调查人员的高生产率的出版,其投资补助的成功管道。

这些是已启用的创建一个新的U54补助 中心为癌症治疗剂的系统(浇铸)。香农·休斯,在癌症生物学的国家癌症研究所的部门的项目官员,随后医生。卡利法诺在讲台介绍新 癌症系统生物学联盟,它的演员阵容的四个创始中心之一。

下面她的话, 彼得·模拟人生,谁最近成为系统生物学的研究生课程的部门主任,讨论了系统生物学博士学位轨道的最新变化 课程设置和要求 而推出的一款新教师研究研讨会。

一篇作文 通过合着 安德烈卡利法诺 (椅子,系统生物学系)和基甸bosker并刊登在 华尔街日报 问定量模型是否能揭示转向癌症断键。他们写:

  • 失望的发现,并倾向于找一个自然的难题优雅,普遍的解释的速度缓慢,许多癌症研究人员已经越来越多地问:是否有某种形式的癌症“达芬奇密码”?并且我们可以破解它使用数学?

    定量模型已经在学科包括天文学,物理学,经济学和计算机科学非常成功。可以“宽客癌症” -scientiSTs运用定量分析癌症的生物景观,找到我们所寻求的答案?并且,如果是的话,将在新的模式是什么样子? 

作文接着描述了如何计算在卡利法诺实验室开发的方法在临床试验第一个性化的N到识别的分子调控网络,维持个别患者肿瘤必不可少的检查站正在测试 - 能够针对他们的以及药品。

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沉宇峰
裕丰沉的实验室有兴趣开发用于识别罕见的基因变异增加疾病风险更好的计算方法。

表面上,出生缺陷和癌症的可能似乎不是有很多共同点。有一段时间了,但是,科学家们观察到增加的患者与特定发育证型乳腺癌的风险。一个众所周知的例子是出现在与努南综合征患儿,谁具有发展白血病的八倍风险增加。最近,研究人员在研究自闭症的遗传学也观察到突变 PTEN,一个重要的肿瘤抑制基因。虽然这样的研究结果已经在很大程度上隔绝和传闻,他们提出的是否肿瘤及发育障碍可能根本联系诱人的问题。

根据 论文近日发表在杂志 人类基因突变,许多相似之处可能不只是巧合,但共享的基因突变的结果。研究为首 沉宇峰助理教授系统生物学和生物医学信息学的太阳城平台部门,连同 温迪涌太阳城平台医学中心儿科的肯尼迪家族副教授,发现癌症基因驾驶也弥补了以上的风险基因发育障碍的三分之一。此外,许多这些基因出现过类似行动的模式运作。科学家们认为,这样可以使肿瘤的“天然实验室”为查明和预测,引起发育障碍罕见的遗传改变的破坏性影响。

“在与癌症相比,有相对少数患者有发育障碍,”沉解释说,“对于遗传学家,这使得它很难完全基于这些患者基因突变的统计学证据识别风险基因。这项研究表明,我们应该能够使用我们的癌症遗传学学习 - 在更多的数据可供选择 - 在发育障碍的遗传数据的解释,以帮助“。

Master regulators of tumor homeoSTasis

在此渲染,肿瘤内稳态(白色)的主调节器上游整合遗传和表观遗传事件(黄色)和调节下游基因(紫色)负责执行诸如增殖和迁移的癌症研究项目。投的目的是开发一种鉴定能破坏主调节活性的药物系统的方法。

系统生物学的太阳城平台部门先后被评为全国癌症研究所(NCI)的新的癌症系统生物学联合会4个就职中心之一。这五年赠款将支持的创建 中心为癌症治疗剂的系统(浇铸),合作研究中心,将调查的一般原理和功能的机制,使恶性肿瘤生长,逃避治疗,导致病情恶化,发展耐药性。使用这种知识,中心旨在确定靶向肿瘤稳态的主调节器新的癌症治疗方法。

投将建立在以前取得的成就系统生物学及其部门 中心用于基因组和蜂窝网络的多尺度分析(磁铁),其发展为复杂的分子机械潜在癌症表征几个关键系统生物学方法。在同一时间,但是,新的中心构成向前迈进了一步,因为它的目标是超越癌症生物学的走向与时间相关的框架,可以考虑疾病的动态,性质不断变化的静态理解。这更细致入微地了解可能最终帮助科学家更好地预测肿瘤个体如何会随着时间的推移和对治疗的反应变化。

Factors affecting protein activity
以下基因转录和翻译,蛋白质可以进行各种影响其活动的修改。通过在单个肿瘤分析下游基因表达模式,毒蛇可以考虑这些变化,以确定对癌症细胞存活的关键蛋白质。

论文刚刚发表在 自然遗传学,实验室 安德烈卡利法诺 介绍了什么它描述为能够分析单个肿瘤活检系统地确定驱动癌症活动个体患者中的蛋白质的第一方法。基于通过在细胞分子相互作用的模拟网络获得的知识,他们的计算算法,被称为 蝮蛇(由富集的调节子分析蛋白质活性的虚拟推理),提供了了解癌细胞如何生存和确定个性化的癌症治疗一个独特的新战略。

由马里亚诺·阿尔瓦雷斯作为卡利法诺实验室的科学家开发的,毒蛇已经成为太阳城平台的基石之一 精密医学举措。它在癌症诊断和治疗计划的有效性,目前正在一系列测试 正的-1的临床试验,其中分析单个患者的肿瘤特有的分子特征,以确定药物和药物组合,这将是最有效的他们。如果成功的话,它可能很快成为癌症治疗的太阳城平台医学中心的重要组成部分。

根据博士。卡利法诺,“毒蛇能够找到癌症患者100%可操作的蛋白质,独立的基因突变。它也使我们能够追踪肿瘤,因为他们的进展或复发,以确定在疾病发展的不同点是最合适的治疗方法。到目前为止,这种方法是寻找极有前途的,我们很高兴看到它在寻找新的治疗策略,以治疗癌症患者的潜在益处。”

Clonal evolution in GBM tumors
研究人员的肿瘤演化模型显示从共同的祖先细胞,不同的克隆谱系分支,然后多样化,在疾病的不同阶段造成独立侵袭性肿瘤的行为。

胶质母细胞瘤(GBM)是成人的原发性脑肿瘤的最常见和最积极的类型。对疾病的现有疗法在其有效性是非常有限的,这意味着在大多数肿瘤患者在一年内复发。一旦GBM的回报,没有有利的治疗目前存在,一般预后很差。

更好地了解GBM如何躲避治疗,通过领导的一个国际小组 安东尼奥iavarone 和 罗尔·拉巴丹 在 太阳城平台中心癌症演进和异质性的拓扑 一直在研究如何GBM肿瘤的细胞组成在治疗过程中的变化。在 只是在网上发表的论文 自然遗传学,它们提供了在治疗过程中肿瘤GBM进化的主路由的第一个草图,显示出在肿瘤内不同细胞克隆成为肿瘤特异状态中占主导地位。该研究揭示了肿瘤发展的重要基本原则,疾病进展的新的遗传标记,以及新的潜在治疗靶点。

安德鲁anzalone 和 sakellarios zairisMD /博士生安德鲁anzalone和sakellarios zairis基于化学生物学,合成生物学和计算生物学开发蛋白质工程的新方法相结合的方法。

核糖体是在所述细胞中可靠的机器,精确地平移通过信使RNA(mRNA)化成形成蛋白质的多肽链中携带的核苷酸代码。不过虽然核糖体通常读取该代码不可思议的准确性,翻译有一些不寻常的怪癖。一个是被称为现象-1编程核糖体移(-1 PRF),其中它应该前核糖体开始读出的mRNA一个核苷酸。这打嗝颠簸翻译“出来的框架,”打造的三核苷酸长的密码子不同的序列。在本质上,-1 PRF因而给出的单个基因为两个完全不同的蛋白质进行编码的意想不到的能力。

最近 安德鲁anzalone,一个MD /博士研究生在实验室 弗吉尼亚州康沃尔,着手探索他是否可以利用-1 PRF来设计能够产生交替的蛋白质的细胞。和...一起 sakellarios zairis,另一个MD /博士研究生在 太阳城平台中,两个开发了管道,用于识别能产生这样的效果,以及用于合理地设计-1 PRF的方法的RNA基序“开关”。这些开关,由结合于配体的适体感测RNA的仔细调整股线,可反应以一个特定的小分子的存在,可靠地调制从一个单一mRNA生产两种不同的蛋白质的比值。这项技术,他们预计,可以提供各种各样的合成生物学新的应用领域。 描述他们的做法和结果的论文已经发表在 自然方法.

cQTLs modify TF binding

辅助因子与转录因子(TFS)工作,以使TF的靶基因的有效转录。所述bussemaker实验室表明,在辅因子基因(cqtls)的基因改变改变这种相互作用的性质,影响TF和其靶基因之间的连通性。此,与所谓的影响在细胞核中的TF的可用性aqtls其他因素相结合,可以导致基因表达的下游的变化。

当不同的人收到同样的药,他们往往对其作出反应以不同的方式 - 什么是在一个病人的高效往往会有任何好处,甚至会导致另一种危险的副作用。从系统生物学的角度来看,这是因为在一个人的遗传密码变种导致在基因,RNA转录因子(TF),和其他蛋白质的实现细胞内药物的影响,网络的差异。这些多层网络是太多太复杂,直接观察,因此系统生物学家一直在开发的计算方法来推断的基因组序列的细微差异如何产生这些效果。最终,希望的是,这方面的知识可以提高科学家,以确定药物,这将是最有效的特定患者的能力,这种方法称为精密药。

发表在纸 科学的美国国家科学院院刊,一队美国太阳城平台研究人员的带领下 哈门·布斯玛克 提出了一种用于发现这种分子机制的一些关键部件的新方法。使用统计方法分析一种新的方式的生物数据,研究人员确定遗传改变他们所谓的连接数量性状位点(cqtls),影响特异性TFS和它们的目标基因之间的连接转录辅因子类变种。

表皮葡萄球菌
人类细胞和居住在我们的身体会影响健康的细菌之间的相互作用。这里, 表皮葡萄球菌 结合鼻上皮细胞。 (Sheetal说道特里维迪和Sean沙利文的图像提供。)

2014年公共卫生邮递员学校推出的调查中, CUMC微生物工作组 带来了基础,临床和人口兴趣了解如何在人类微生物组的栖息和我们的组织和互动的细菌生态系统器官,影响我们的健康的科学家在一起。系统生物学系计算生物学家已经越来越多地参与这个跨部门的社区,因为有可能使大数据的意义设置一个微生物组研究产生的分析方法有助于专业知识。

巴里霍尼格 国际社会对计算生物学先后当选教授 巴里霍尼格 对其 2016 iscb级研究员。该奖项旨在表彰在所示研究和/或服务精益求精谁在计算生物学社区杰出iscb成员。博士。霍尼格的奖项是对他的“蛋白质结构预测和分子静电,和他最近对蛋白质功能预测,蛋白质,DNA识别和细胞 - 细胞粘附工作开创性的贡献。”

国际社会对计算生物学是国内最大的专业学会计算生物学和生物信息学领域的科学家。 2016级学员将在其年度提交 分子生物学(ISMB)会议智能化系统,将于7月举行的8-12年,2016年在佛罗里达州奥兰多。

尼古拉斯·塔通蒂
尼古拉斯·塔通蒂是在生物医学信息学和系统生物学系的系助理教授。

太阳城平台医学中心的团队(CUMC)的科学家领导的 尼古拉斯·塔通蒂 确定了几个药物组合,这可能导致潜在的致命类型称为尖端扭转型(TDP)心脏的心律失常。的关键发现是新的生物信息学流水线(使用潜信号和电子病历药物相互作用预测)称为双脉冲,它建立在tatonetti用于观测数据集识别药物 - 药物相互作用(DDIS)开发的先前方法。结果报告 在该杂志药品安全新纸 并铺上了 芝加哥论坛报发布了一份详细的多媒体功能.

载于美国FDA不良事件报告系统(faers)算法挖掘的数据以识别DDIS的潜信号导致QT间期延长,在其协调心跳的电周期的扰动。然后它通过寻找其包含在一个大的集合在哥伦比亚电子健康记录心电图结果签名验证这些预测。有趣的是,研究人员确定了这些药物不会导致自己的病情,但只有在特定的组合拍摄。

以前,没有可靠的方法存在确定这些类型的组合。虽然研究结果是初步的,许多双脉冲的预测的实际患者数据的回顾性确认表明其有效性和研究者计划在不久的将来实验测试。

CluSTer computer

采用系统生物学的计算集群的部门参与新课程获得经验的学生,一个TOP500超级计算机致力于生物研究。

随着越来越多的生物学研究转移到了“大数据”的模式,利用高性能计算平台进行分析的能力正在迅速成为一个基本技能。培养学生用这些新工具更成功地工作,系统生物学的太阳城平台部门最近与公共卫生发动集中在技术背后的基本概念提供了一个强大的接地一个新的研究生班邮递员学校合作。

Economic Markets 和 Biological Markets

以类似的方式在哪些国家制造和贸易商品,细菌群落交换代谢产物中的微生物细胞,促进细胞生长的方法。这个角度可以提供从经济学的角度研究微生物群落的一种方式。

一个 文章 在里面 华尔街日报 在最近的一个协作的报告涉及到系统生物学助理教授太阳城平台部 哈里斯旺 和克莱蒙特研究生大学经济学家约书亚tasoff是确定的经济市场,两种资源的细菌群落内微生物之间的交流之间的一些有趣的相似之处。 

在一个不寻常的婚姻,生物学和经济学似乎是天造地设的一对。

四年前,在朋友的婚礼上重聚两位前室友来得及赶上。第一,经济学家,问:“你有什么工作”的第二,一个生物学家,回答说:“怎么样微生物群落进行交互。它有点像经济学“。

那就是当智力火花飞起来了。

原来,微生物群落,我们大多数人认为通过交易代谢物如氨基酸与其他物种的细菌,就像自由市场经济增长通过交换商品和服务,如病菌扩张。

这部小说的洞察力,通过偶然的一次谈话的启发,并开发了随后的几年研究的支持,提供了一个框架来解释细菌物种如何在不同的复杂社群互动。

你可以在这里阅读整篇文章: AIL的经济体:细菌如何蓬勃发展。 [登录可能需要]

相关出版物

tasoffĴ,眉山,王HH。 微生物贸易的经济框架。公共科学图书馆之一。 2015年07月29日; 10(7):e0132907。

Chimpanzee

通过统计方法来比较不同物种的基因组数据,如黑猩猩和人类的普沃斯基实验室获得见解的遗传变异和适应的起源。 (照片:在莱比锡动物园黑猩猩托马斯lersch, 维基共享资源。)

大约100年前推出,群体遗传学是进化生物学中的一个子域,旨在解释如何处理,如突变,自然选择,以及内部和物种之间的遗传变异随机遗传漂变的领先优势。群体遗传学最初是从孟德尔遗传学和生物统计学的融合诞生,但随着近年来基因组测序数据和高性能计算技术的可用性,它已经开花到正在提供越来越多的过程的高分辨率模型一个成熟的计算科学是推动发展。

莫莉普沃斯基在生物科学和系统生物学的太阳城平台部门的教授,主修数学在普林斯顿在芝加哥在90年代中期开始的大学在她的进化生物学博士学位之前。在那里,她认识到,日益庞大的数据集的可用性是不断变化的群体遗传学,并一直热衷于使用统计方法,调查问题,比如如何变异遗传驱动的适应和为什么突变率和重组率物种之间有所不同。在随后的采访中,她介绍了群体遗传学是如何不断发展自身,以及她的一些实验室对领域的贡献。