项目1 - 阐明调节逻辑,其负责维持癌细胞状态,独立于特定的始发事件和内源/外源性扰动。

办案人员: 巴里霍尼格 (项目负责人), 迪米特里斯·阿纳斯塔西, 安德烈卡利法诺, 肯尼斯·橄榄, 丹尼斯vitkup哈里斯旺

Protein structure prediction using PrePPI
使用铸方法中是用于注释使用模板库结构和功能特征的方法。查询蛋白质(a)中的结构被用于扫描具有已知功能(b)中的模板的库。模板可以是具有各种结合配偶体包括其它蛋白质(绿色),肽(TEAL),RNA / DNA(棕色)或小分子(红色星)蛋白。每个复杂,模板和查询都基于全局或​​局部相似(C,虚线)叠加。交互模型被创建并用于确定所述查询是否具有类似于模板功能特性;例如,物理相互作用能量从残基相互作用(d,黄线)的。功能,如这些都可以被用来作为开关输入到机器学习方法。

本项目的目的是系统地阐明和实验验证是负责肿瘤稳态的机制。我们将研究肿瘤细胞国在其异质性的完整的上下文,相对于这两种肿瘤成分和微环境。

在患者体内另外,我们将开发新颖的方法和算法,以1)阐明导致进展或耐药性的逻辑治肿瘤的状态转换的事件和2)解剖肿瘤状态的满装共存。

这些算法将是我们进一步肿瘤与基质之间复杂的细胞间分子间的相互作用,包括相关的那些免疫的认识工具。解决这些挑战将需要使用的新颖的方法手段,可以考虑既细胞异质性和肿瘤的体内平衡,包括随时间变化的性质:

  • 融合基因,表观遗传学,结构和生物化学方法的。例如,我们正在整合结构和功能的生物学方法率先在霍尼格实验室功能注释调控肿瘤动态平衡的关键蛋白。我们计划创建转录,转录后,和信号转导调控的模型来研究促进细胞状态的稳态控制与时间相关的监管反馈机制。
  • 在卡利法诺和vitkup实验室先前开发的概率的方法将进一步完善,从而充分机械动力学模型。
  • 吸引梅塔日内斯,已确定由anastassiou实验室肿瘤结果的高度有效的预测,由癌细胞的稳态逻辑驱动。类似地,我们将研究稳态肿瘤细胞控制的(a)跨肿瘤微环境相互作用的跨相同肿瘤内共存的是不同的肿瘤细胞状态的异质性,和(b)。

这些研究和新方法的时间相关的行为和细胞间通讯过程的研究开发将需要目前尚未在公共领域完全新颖的数据。因此,我们将充分利用通过SIMS实验室的首创技术工作,通过提供 分子谱芯(MPC),以及在旺实验室开发,以生成时间序列的遗传以下和小分子的扰动散装肿瘤和个体的肿瘤细胞的分子概况先进的基于CRISPR-方法。这样的数据的可用性将是实现新颖的方法用于反馈回路和癌细胞的稳态控制机械的多个预测动力学模型的解剖至关重要。

最后,使用泛癌症的方法,我们将利用我们的方法在癌症基因组图谱(TCGA)每一个病人,来评估每个病人的基础上肿瘤稳态和异质性。我们期望识别和功能表征的蛋白的一小部分(估计大约为400),该完全概括跨20个不同癌症器官部位和〜100个分子不同的亚型肿瘤稳态控制。我们将全面诠释这些蛋白质 - 无论是在功能和结构 - 并会在综合数据库,chopd(癌症动态平衡蛋白质数据库)沉积的结果。我们也将产生一个匹配,同样一整套试剂和库这些蛋白质和跨TCGA样本的全谱相关蛋白对系统化,CRISPR-扰动。