新闻

艾琳布什 Receives Award

艾琳布什 with Department of Systems Biology Assistant Professor 彼得·模拟人生 和 College of Physicians & Sciences Dean Lee Goldman. (Photo: Amelia Panico)

系统生物学的部门是自豪地祝贺 艾琳布什 上被选择为 太阳城网站网址 College of Physicians & Surgeons 2016 Officer of 研究 Award。该奖项每年授予认识到选择的工作人员为他们的工作场所的突出贡献之一六。 2016年的受助人在发生在太阳城网站网址医学中心于2017年1月12日的仪式上得到了承认。

艾琳是在一个人交往 JP苏兹贝格哥伦比亚基因组中心 和测序专家在实验室工作 彼得·模拟人生安德烈卡利法诺。她一直在帮助开发新的下一代测序技术,专注于低输入和单细胞DNA和RNA文库制备和测试。作为 CUMC编辑部报告:

以她的专业技能和敬业精神,毫秒。布什很荣幸为她的系统生物学的部门工作,她的时间和专业知识的三个实验室之间的分裂。在苏兹贝格太阳城网站网址基因组中心,她的努力在测序核心设施提高效率,使核心的扩张。最近,她协助开发的RNA测序技术与卡利法诺和西姆斯的实验室,让研究人员筛选药物,以低成本和高通量遗传效应。这项新技术是疾病的研究和精密医药有前途的工具,并导致部门内的数百万美元的联邦拨款。

该 P&S Annual Awards recognize one employee each in the categories of Management, Administration, 研究, Clerical & Technical, Diversity和 Community Service.

恭喜,艾琳!

彼得·模拟人生, 鹭夏皮拉和 哈里斯旺

副教授彼得·西姆斯,史记夏皮拉和哈里斯王最近搬进旨在促进新技术的生物和生物医学研究的发展系统生物学实验室空间的新部门。照片:林恩萨维尔。

系统生物学的太阳城网站网址部门开辟了新的实验研究中心专注于生物技术的发展。占据在太阳城网站网址医学中心的玛丽·拉斯克伍达德生物医学研究大楼一个半楼层,该设施将促进生物系统的研究和工程新的实验方法的设计和实施。这也将使哥伦比亚的新一代基因组测序能力的大幅扩张。

新工厂的第一居住者的系统生物学副教授部门的实验室 鹭夏皮拉, 彼得·模拟人生哈里斯旺, 随着 基因组测序和分析中心 的JP苏兹贝格哥伦比亚基因组中心。社区将于增长,因为目前未被占用的空间很快就会容纳更多的美国太阳城网站网址教授的实验室正在开发也是新的生物技术。

“技术驱动的科学,说:”系统生物学椅系 安德烈卡利法诺“,并设计新技术的能力使得能够回答的问题,没有人能。通过在同一物理位置将技术为重点的调查和基因组中心的测序基础设施一起,我们的目标是,新的拉斯克设施将给系统生物学的部门 - 以及整个太阳城网站网址研究团体 - 获得生物和独特的应用生物医学研究“。 

Alex Lachmann
他的介绍与RNA-seq的期间亚历克斯拉赫曼“新兵训练营”。

在2015年6月,系统生物学的太阳城网站网址举行部门五部分的系列讲座侧重于生物研究RNA-seq的先进应用。涉及的主题会谈如使用RNA-SEQ的用于研究单个细胞,RNA测序实验设计,用于分析RNA测序数据的统计方法,和RNA测序的分子相互作用网络的预测的利用率之间的异质性。演讲者和组织者已经编制的讲义和学习资料清单为希望了解更多的。点击以下链接了解更多信息。

Tracking clones

鉴定对捐献肾组织反应的T细胞克隆后 体外在玉峰沉实验室开发的新的计算方法被用来跟踪以下器官移植的频率。这些发现有助于预测移植排斥或耐受性。

当病人接受肾移植,一场战斗往往随之而来。在许多情况下,接受者的免疫系统识别移植肾的外来入侵者,并装有一个积极的T细胞反应,消除它,从而导致各种破坏性的副作用。减少并发症,许多移植受者接受抑制免疫反应的药物。这些都有自己的后果,但是,因为它们可以导致感染的风险增加。由于这些原因,科学家们一直在努力更好地了解决定移植免疫耐受和排斥的生物学机制。这方面的知识可能会提高医师的免疫系统配置文件预测器官移植的可行性,并提供基于个别患者免疫抑制剂的最佳方法的能力。

沉宇峰在系统生物学的太阳城网站网址系的助理教授, JP苏兹贝格哥伦比亚基因组中心, 和...一起 梅根·赛克斯,主任 哥伦比亚中心平移免疫学 在医生和外科医生的太阳城网站网址,最近采取了向这一目标迈进了令人鼓舞的一步。在 发表在纸 科学转化医学他们报告说,具体的抗性供体T细胞克隆的移植接受者的缺失可以支持一个新的肾脏的耐受性。这一发现的关键是由沉实验室,这使得它可以跟踪罕见的T细胞克隆的频率发展,以及如何它们的频率改变移植后的一种新的计算基因组学方法的发展。本文提出了理解移植排斥的原因,既有总体战略确定的生物标志物用于预测的移植接受者将如何容忍一个新的肾脏的一种手段。

希内克wichterleJP苏兹贝格哥伦比亚基因组中心 很高兴地宣布, 希内克wichterle 已被任命为副主任。在这个岗位上,他将建议对干细胞相关的项目,并协调省干细胞基金和太阳城网站网址基因组中心的相互作用 高通量筛选设备.

In addition to his position at the 太阳城网站网址基因组中心, Dr. Wichterle is also an associate professor holding a joint appointment in the Departments of Pathology & Cell Biology and Neuroscience (in Neurology) at 太阳城网站网址医学中心. He received his MS degree from Charles University in Prague and his PhD degree from 该 Rockefeller University. He trained at 太阳城网站网址, where he became assistant professor in 2004 and associate professor in 2012. He serves as a co-director of the Columbia Stem Cell Initiative 和 as a Vice-Chief of the Division of Regenerative Medicine in the Department of Rehabilitation & Regenerative Medicine.

博士。 wichterle开发开创性方法在培养皿中产生由多能胚胎干细胞的脊髓神经元。过程中忠实地重演胚胎发育正常,提供了一个独特的机会,在受控环境中的胚胎以外的研究和实验探测神经细胞。他使用该系统来控制基因神经元分化和功能的重要转录程序进行解码。他的实验室也大写脊髓神经元的无限来源,研究运动神经元退行性疾病,如肌萎缩侧索硬化症(ALS或卢伽雷氏病),以发现新的药物,这些目前无法治愈的,毁灭性的条件的目标上。

Fluidigm C1 Single-Cell Plate

在Fluidigm公司C1单细胞自动制备型系统的核心是包含微流体96孔板中。后个体的细胞在他们自己的孔分离,该装置放大其全基因组基因表达谱的cDNA。科学家在哥伦比亚基因组中心正在开发解决单细胞RNA测序的技术和分析方法的挑战,并且已经开始产生一些令人兴奋的数据。

由于第一显微镜的发明,新技术的游行已使科学家在详细的越来越细的水平来研究各个细胞。在过去的两年中见证了这一发展的重要下一阶段,与第一设备用于在全基因组范围的基因谱的单细胞的到来。

在此字段中的第一个商业产品是Fluidigm公司C1单细胞自动制备型系统,它使用微流体以分离单个细胞,并提供以产生基因表达图谱长达96个细胞以时间的能力。但由于技术和单细胞工作的固有困难的新颖性,它已提出了一些有兴趣在此级探索生物学研究的技术挑战。

现在,科学家们在 JP苏兹贝格哥伦比亚基因组中心 由助教带领 彼得·模拟人生 和 沉宇峰 已经开发了一个实验和计算管线,优化了C1的能力。甚至因为他们的工作,以解决一些固有的单细胞研究面临的挑战,他们的做法已经开始产生一些令人兴奋的数据,在多种细胞类型的研究遗传学。

Illumina公司nextseq 500 at 太阳城网站网址

作为基因组测序技术的发展,在 JP苏兹贝格哥伦比亚基因组中心 继续为国家的最先进的工具,太阳城网站网址生物学和生物医学研究团体的访问。在其最近的收购,基因组中心刚刚安装了两个 Illumina公司nextseq 500 序。该nextseq 500是一种灵活,高效的桌面音序器,提供强大的高通量测序能力。

太阳城网站网址研究人员谁是Illumina的新一代测序平台的经验,现在可以安排时间使用nextseq 500自己的研究。 

彼得·模拟人生彼得·模拟人生在系统生物学的太阳城网站网址系助理教授,先后被评为副主任在的新技术 JP苏兹贝格哥伦比亚基因组中心。在这个岗位上,他将制定,指导和实施策略将新的高通量实验方法为在基因组中心做了研究。

作为一个训练有素的物理化学家,博士。西姆斯一直在开发了多项创新技术的高通量设置研究单个细胞。使用类型的微流体称为软光刻的,他的实验室已经被设计用于创建在直径井微米几十只组成阵列,小到足以分离和对单个细胞进行高通量实验的方法。  

任命博士。西姆斯,以他的新角色将启用哥伦比亚基因组中心,开发了多种,将有利于整个太阳城网站网址的研究人员社区的新应用。 

Imaging synapses

在太阳城网站网址基因组中心的高含量显微镜系统的测试,计算图像分析证实了高度的绿色荧光蛋白标记的突触和染料FM4-64的共定位。研究人员计划高通量筛选来鉴定能够靶向突触fluroescent小分子。

突触调解在大脑神经元之间的沟通,使他们的神经活动重要组成部分。研究表明,突触丢失和功能障碍的人数脑神经衰弱性疾病中发挥作用 - 包括阿尔茨海默病,抑郁症,与自闭症 - 但目前还没有有效的方法存在识别和生活人类大脑成像单个突触。能够定位和量化患者的突触可以大大提高疾病诊断和监测,并有可能提供新的治疗方法。

克拉丽莎韦特, an assistant professor of pathology 和 cell biology at the 太阳城网站网址 College of Physicians & Surgeons和 DALIBOR萨姆斯 在化学太阳城网站网址部,最近也开始与合作 太阳城网站网址基因组中心的高通量筛选设备 用鉴定小荧光分子能够选择性地定位于突触的目标。如果成功,该项目可能会首次为目标,并在活体人脑成像突触的方法。

Rabadan, 自然遗传学

在近140脑瘤的所有基因突变的分析,已发现最能提高胶质母细胞瘤的基因。通过分析发现了18个新的驱动程序基因(标红),从来没有牵连胶质母细胞瘤之前并正确识别15个以前已知的驱动程序基因(标记为蓝色)。该图显示突变是在不同的数字常见于胶质母细胞瘤(左),经常包含插入(中)的基因,并经常含有缺失(右)。由图蓝点代表的基因在统计学上最有可能是驱动基因。

一个团队太阳城网站网址医学中心的研究人员已经确定了负责驾驶胶质母细胞瘤,成人脑肿瘤中最常见和最激进型18个新基因。 这项研究是2013年8月5日发表在Journal of 自然遗传学.

哥伦比亚小组利用高通量DNA测序的组合和共同作者开发的统计分析的新方法 罗尔·拉巴丹助理教授系统生物学系,产生候选基因突变是极有可能推动癌症,而不是有没有影响突变的短名单。

考虑与先前的研究这组进行,rabadan和合作者安东尼奥iavarone和安娜lasorella指出,胶质母细胞瘤的大约15%,现在可以与已经被美国FDA批准的药物有针对性沿着这些结果。如在lasorella言论 文章的CUMC编辑部“没有理由为什么这些病人不能在临床试验中接受现在这些药物。”