哥伦比亚基因组中心,位于纽约市太阳城平台医学中心,提供高品质和高性价比的新一代基因组外显子组,和RNA测序服务。我们的客户和合作者包括在太阳城平台的研究人员社区,以及在其他大学和生物技术和制药行业的调查。

下一代DNA和RNA测序已经使人们有可能不仅要看个人的基因组,而且要快速比较多个基因组中的基因序列。这些方法可以用于,例如,确定从人到人在癌症中的基因组和基因的转录物的差异,群体之间,和之间的正常和病理细胞。作为新一代的测序技术使人们有可能以更有效地产生高分辨率的基因组数据,研究人员在许多领域已经转向新一代测序来识别基因组的特定功能,促进特定表型。

全基因组和全基因组测序

下一代DNA测序使得可以迅速地对样本进行比较之间的遗传内容,并确定种系和感兴趣体细胞变体,例如单核苷酸多态性(SNP),插入和缺失(插入缺失),拷贝数变异(CNV的),和其他结构变化。

新一代测序技术使人们有可能以更有效地产生高分辨率的基因组数据。

在下一代DNA测序,DNA被第一破碎成小片段的文库。然后将这些片段连接到该促进用于测序反应所必需的生物化学的寡核苷酸衔接。被置于载玻片上或在流动池中之后,构成该片段的核苷酸碱基串在数亿平行反应,然后测序。在重新测序研究,其中高质量参考基因组存在,从机器中读取映射到基于序列比对,而这又是用于呼叫的变体的参考基因组中。从头基因组测序研究中,读取被组装成一个基因组草图。

下一代技术可以快速生成一个全基因组的序列,也可以使用所谓的外显子测序的方法更有针对性。外显子测序特别注重产生从已知的编码区的读取。在对比全基因组测序,它们的序列的整个基因组,基因组测序是一种成本有效的方法,可以检测在编码区的单核苷酸或短INDEL的变体,和对于许多研究需要提供足够的信息。

转录组测序

RNA-SEQ是下一代测序技术,其测量RNA转录物的样品中的丰度。它是用于理解在转录动态,包括发育过程中或在疾病进展过程中发生的不同的生理条件下,或变化之间的基因表达水平的差异的有力工具。具体地,本申请可以用于研究的现象,如:

  • 基因表达的变化
  • 选择性剪接
  • 等位基因特异性基因表达
  • 嵌合成绩单,包括基因融合事件
  • 新颖的成绩单
  • RNA编辑

在一个标准的RNA测序方法,总RNA首先通过聚一个用于mRNA纯化下拉,然后通过逆转录进行到产生cDNA。的cDNA被分成小片段的文库,附接至寡核苷酸促进测序反应适配器,然后测序单端或双端的。最后,读出被对准以参照基因组来估计的已知或新的转录物的表达水平。结果可以指示在转录结构和/或在特定的基因的表达水平的差异。研究缺少poly-A尾部的非编码RNA,聚下拉步替换为核糖体RNA减少实验。

我们的测序平台

我们使用了各种成功和广泛采用的工具进行下一代测序。我们的技术基础设施包括:

illumina hiseq 2500
用于新一代测序的行业标准平台,hiseq是专为大型高通量实验。利用Illumina V4化学,它可产生高达6天1个TB的数据。

Illumina公司nextseq 500
该nextseq 500是一种灵活,高效的桌面音序器,提供强大的高通量测序能力。设计时考虑个人的实验室,它是第一个高通量测序仪桌面提供的外显子组,转录组和全基因组测序在一个紧凑的封装。它提供了多种流通池配置,包括最多8亿配对末端读和最多4亿单读取。太阳城平台基因组中心提供的nextseq 500自助服务访问有经验的太阳城平台的研究人员。

没有mimimum样本大小

我们欢迎各种规模的下一代测序项目,包括大型和小型运行。不像大工业测序实验室,太阳城平台基因组中心没有最低样本量。这使得它的成本效益进行高级,这往往是在其他中心更昂贵的高风险的应用程序。

我们也鼓励试点项目:您可以通过测序测试实验和我们的设施只是一个小样本的每个样本相同的价格更广泛的实验。这种灵活性往往是研究人员谁是新的技术特别有用。

hipaa合规

在哥伦比亚基因组中心的下一代测序服务仅用于科研。您通过我们的提交表单或通过电子邮件发送的所有文档,电子邮件,样品名称和数据必须符合HIPAA。所有样品名称必须完全匿名(无病人姓名)。

质量控制

我们对样品的整个测序过程我们的设备和质量控制进行全面的质量保证。我们的目标是始终交付,可以帮助你在你的研究有用的数据。

同时,其本质新一代测序并不总是提供同样强大的结果。多种因素,包括变异的文库制备过程中固有的,即在测序过程中所发生的生物化学和我们收到可影响给定实验的结果的DNA和RNA样品的质量。

我们将尽一切努力提供满足在目标一致的结果,尽管这是不可能保证这些目标总是会实现。


 

National Cancer Institute

基因组中心接收通过共享的NCI-指定资源的基因组学NCI资助 赫伯特欧文综合癌症中心.

Illumina Certified Service Provider

我们是Illumina公司CSPRO认证服务供应商,致力于确保供遗传分析应用的最高质量的数据传输。