虽然新一代测序遵循一定的标准协议,它也可以定制,以满足因素,比如你的研究目标和预算。规划测序项目时,考虑的关键参数读长,你是否需要单端或末端配对读取和覆盖面的必要深度。

读长

在测序过程中,有可能以指定要在一次读取碱基对的数目。例如,一个读可能包括的50个碱基对,100个碱基对,或更多。更长的读出可以提供太阳城平台特定碱基对的相对位置更可靠的信息。 (这有助于解决中出现的顺序,因为相同的读取序列可以在基因组内的多个地方出现的共同挑战。)但是,它通常比较昂贵,产生较长的读取是。

单端与末端配对阅读

在单端读出时,定序器读取唯一的一个端部的片段到其他,产生碱基对的序列。在配对末端读它开始于一个读取,在指定读出长度完成这个方向,并且然后开始另一轮的从所述片段的相对端读取。配对末端读提高识别的相对位置的各种基因组中的读取能力,使它远远超过单端解决的结构重排,如基因插入,缺失,倒位或读取更有效。它也可以提高重复区域的组装。可以不需要这个精确度对于所有实验,然而,配对末端读更昂贵和费时的执行除了单端读出。

深度报道

深度覆盖是一个特定的基因组位点的测序运行中测序的次数的度量。在基因组测序,例如,目标可能是60倍的覆盖,这意味着 - 平均 - 每个目标的基础测序的60倍。这并不意味着每一个有针对性的基地测序每一次;一些区段可读取100次以上,而其他人可能只被读一次或两次,或根本没有。在60X外显子测序我们的平均目标是有针对性的基地85%的覆盖至少15倍,而90%的有针对性的基部覆盖至少10倍。的一个基进行测序的次数越高,数据的质量越好。

对于RNA-seq的,我们一般建议至少30万左右的样品读取。对于要求更高的精确度测序项目 - 诸如可变剪接的研究 - 40000000 6000万双端读取将提供更好的结果。对于更详细的分析,以确定,例如,等位基因特异性表达或低丰度转录物的表达60万到1亿读取可能是必需的。

经常问的问题

如果你还有什么类型的排序是适合你的问题,请访问我们的 常见问题页面.