员工

彼得。 SIMS,课程主任

艾琳℃。布什主任

迈克尔·芬利森,生物信息学分析

伊莎贝拉krupska,联想的员工

概观

单细胞分析在核心坐落 苏兹贝格哥伦比亚基因组中心 和实验和计算支持提供单细胞RNA测序(scRNA-SEQ)。核心升空,从慷慨支持 哥伦比亚精密医学举措中, 欧文学院为临床和转化研究中, 赫伯特欧文综合癌症中心医学系。我们很高兴提供使用两个scrna-SEQ平台的服务:10个的基因组学铬3' 溶液并汇集scrna-SEQ于96孔板中。

10倍的单细胞基因组学铬3“溶液是一种高通量,可扩展的技术,从而单电池包封数千液滴用于裂解和从多达8个样品平行逆转录。液滴为细胞和遏制分子特异性cDNA的条形编码的引物。此外,我们可以到图书馆准备举-SEQ,条形编码功能,CRISPR细胞或散列。所产生的汇集,3'端库测序在novaseq通常6000用户必须在悬挂于核心提供活细胞。

对于scRNA-SEQ在96孔板中,用户排序单个细胞到96孔板容器含有裂解缓冲液的孔中(由核心提供)。 ESTA步骤是在用户的方便执行。排序后,将板旋转减慢,冻结,并传递到核心,他们是处理与我们的自动化液体处理机器人。模板切换逆转录与适配器连接的寡聚(dT)引物这两种细胞和容器含有分子特异性条形码进行,并且cDNA被合并用于PCR和文库构建。汇集,3'末端测序文库,然后nextseq 500/550测序上的Illumina公司。至少有两个板每个项目所需。

10倍的单细胞基因组学ATAC铬溶液是一个全面的,可扩展的方法来确定在单一样品中的染色质的千细胞的调节景观。细胞核中的悬浮液被包封在液滴的单核条形码之前递送到核心,那么在散装转置。将所得文库通常nextseq 500/550上测序在Illumina。

不同的方法两个层面提供的吞吐量和灵活的选择。所有第一次用户需要安排一个面对面的会议,讨论项目的彼得SIMS和Erin灌木, genome@columbia.edu

仪器仪表

除了在苏兹贝格哥伦比亚基因组中心的主要设备资产,单细胞分析的核心保持了下列文书:

10X基因组学铬单小区控制器

贝克曼 - 库尔特BIOMEK 4000

赛默飞伯爵夫人二FL自动细胞计数器

美天旎gentlemacs辛离解器(适用于自助服务使用,请联系  genome@columbia.edu )。

标准包和定价*

10X基因组学铬3“单细胞RNA测序的微流体细胞处理,文库制备,测序和(〜5,000个细胞,〜350米读取):$ 2.778 *

*引用-SEQ,细胞散列和CRISPR条形编码包括额外收费库准备,请来电咨询。

10个的单细胞基因组学铬ATAC-SEQ微流体细胞处理,文库制备,测序和(〜5000个核,〜130米读取):$ 3.104

汇集scRNA-SEQ 3'-末端在96孔板中,文库制备,测序和(每板96〜细胞):$ 613

96孔板用试剂合并3'-端scRNA-SEQ(供用户测试样品或银行;文库制备和测序不包括):$ 98

*目前的价格为哥伦比亚的用户,通过制度支持补贴,并随时可能更改。外部用户的欢迎,而应要求报价。

生物信息学

我们认识到,scrna-SEQ提出了许多分析挑战,并在这一领域的计算技术正在迅速发展。因此,我们高兴提供用于处理,质量控制,分析,并通过如下所述的芯产生作为附加服务scrna-SEQ数据的解释的生物信息学的支持。除了基本的数据处理(条形码解复用,对准,分子计数)时,单细胞分析核心还提供了用于鉴定亚群的细胞状态的最先进的计算工具,差异表达,数据可视化,和统计分析。请联系  genome@columbia.edu 了解更多信息并安排与我们的专家进行咨询。

生物信息学包

这里是计算分析我们的核心的定价机制的崩溃。用于分析的请求定义为请求到属于一个实验的一部分样品的可管理数量反复执行一个任务,并且该层将被研究者和在开始分析之前,芯商定。

免费梯队:

10倍的单细胞基因表达和10倍的单细胞ATAC-SEQ

-THE 10倍的细胞游侠分析软件标准输出。

- 特别,此使用“cellranger计数”为使用默认参数单独地每个样品装置处理的fastq文件。

- 这产生一个对准的读取到的标准参考,质量评估,计数矩阵,聚类,并且针对特定于各个簇标记差异表达分析。

板为基础的单细胞基因表达

通过我们的核心的管道进行-the标准数据处理

的文件的fastq到-alignment的标准参考,质量评估,并计数矩阵的生成用于单独各样品中。 

第1级,每个请求$ 250:

可用于10倍单细胞基因表达和基于板的单细胞基因表达实验

包括:

具有改变的基因组/注释-realignment

不同版本的cellranger或不同refrences的-reanalysis /后处理

-clustering并与我们的核心标准的分析程序差异表达分析(10X实验,这是指分析超越标准“cellranger计数”的过程

使用cellranger或我们的核心标准的分析程序多个样本 - 整合 

第2层,每个请求$ 500:

可用于10倍单细胞基因表达和基于板的单细胞基因表达实验

包括:

-iterative集群和差异表达与我们的核心标准分析

- 产生自定义人物

-trajectory分析

-comparison到参考数据集

不包括在第1层-any分析 

分析-只有一层,每个样品50 $:

所需的所有自制备库(10倍或板为基础的),使用单细胞分析核心的管线处理。所有的自由层的分析也包括在内。

抽样送检

使用10个基因组学铬3' 溶液的实验中,研究人员必须协调活细胞的解离悬浮液的输送。对于基于板的scrna-SEQ,研究者必须提交含有单个细胞的冷冻的裂解物的96孔板来分类在一个一次一到每个孔中。研究人员必须使用由核心提供96孔板和试剂。所有第一次用户需要安排一个面对面的会议,讨论与彼得·西姆斯和Erin灌木项目( genome@columbia.edu )。基于Web的样本和计费信息可以使用我们的提交 形成 .

资金

单细胞分析的核心衷心感谢他们的慷慨支持以下机构:

PrecisionMedicine

 

IrvingInstitute

 

HICCC

 

ColumbiaMed