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2016年12月16日

癌症oncotecture:肿瘤存活的一种普遍模式

Regulators of mesenchymal GBM subtype

肿瘤oncotecture的一个例子。涉及间充质成胶质细胞瘤亚型的活化转录因子示于紫色。在一起,它们包括紧密的肿瘤的检查点,控制高级别胶质瘤的间充质签名的基因的74%。 CEBP(β两者和δ亚单位)和STAT3调节在肿瘤的检查点的其他三种转录因子,协同调节的间充质GBM细胞的状态。 (图片: 自然癌症综述)

发表在详细的透视文章 自然癌症综述,系统生物学椅系 安德烈卡利法诺 研究科学家马里亚诺·阿尔瓦雷斯(darwinhealth)比总结10年的工作更提出一个通用的,独立的肿瘤“oncotecture”,始终在分子水平上确定癌症的存在。他们的研究结果,他们认为,指示标识和针对高度保守的,称为主监管机构必需的蛋白质 - 的而不是引发癌症已经成为许多癌症研究的焦点广泛多样的遗传和后天的改变 - 可以提供分类的有效途径和治疗疾病。

作为纸覆盖 经济学家 报告:

近几十年来最重要的医学见解之一是癌症由基因突变引起的。兑现有识之士在临床上,以改善治疗,已,然而,已经很难。 2600例患者的医学博士最近的一项研究在得克萨斯州休斯敦安德森癌症中心,表明遗传分析只允许6.4%的那些患有与在视为负责突变专门针对药物配对的。其原因是,目前只有少数几个常见癌症引发的突变和药物来对付他们。其他触发突变虽多,但稀土如此罕见,给予药物发现的经济学不治疗也不知道,是一个容易被追捧。 

事实如这些都导致许多癌症生物学家质疑基因为首的角度来理解和治疗癌症多么有用实际上是。有的已经不是单纯的质疑走得更远。一个这样的是太阳城平台的安德烈卡利法诺,在纽约举行。他指出,不论触发突变的,的图案基因表达和相关蛋白的活性,即维持肿瘤是,对于给定类型的癌症,因患者几乎相同。有识之士提供了出发点不同的方法来寻找药物开发的目标。原则上,它应该是简单的小数字,直接癌细胞的行为不是与无数的方法,其中,癌症可以在第一时间被触发蛋白质的干扰。 (阅读全文。)

自然癌症综述论文 提供卡利法诺实验室工作的概述,总结其主调节器的分析方法,与证据,以支持其模式已经积累了一起。作者认为特定的主调节蛋白和肿瘤的检查站,它们包括功能一直作为分子网络,引起特定的细胞表型的瓶颈。以这种方式,它们开掘多样上游遗传和外遗传改变来实现激活癌活性的基因的转录程序,维持癌细胞恶性状态,和使肿瘤耐药性的发展。这些蛋白质,因此,构成的癌症的“致命弱点”,并提供生物标志物和治疗靶标,补充其它方法的一个有吸引力的,不同的类别。

卡利法诺和Alvarez的是小心地从癌症生物学家中的术语的一个越来越普遍的和宽松的定义区分其严格主调节器的概念。而一些已经使用的术语来描述的遗传决定或癌症功能的驱动程序,作者强调主调节蛋白是必要的,足以产生转录签名是独特的,以一个特定的癌症亚型,并直接调节它。秉承这种严格的定义,本文认为,将有选择地杀伤肿瘤细胞提供更好的目标。

“原则上,它应该是简单的小数字,直接癌细胞的行为不是与无数的方法,其中,癌症可以在第一时间被触发蛋白质的干涉。”

本文介绍了卡利法诺实验室的各种计算算法,包括aracne,游艇码头成为可能的机会, 毒蛇diggit,它们一起包括用于推断基于基因表达数据的分子网络,识别这些网络肿瘤检查点,并开发肿瘤生物学的机械理解的框架。这也解释了该实验室的利用跨物种的方法来验证其预测,以及方法主监管机构连接到药物和药物组合有可能能够针对他们的。

此外,本文承认一定的局限性和潜在改进的范例。这些包括药物扰动之后的需要用于在组织之间的调控网络区别的差异更好的方法和在同一样品中的单个细胞中,以及用于随着时间的推移mRNA表达和蛋白质丰度的动力学建模,例如。

最终,该出版物表明,使用癌症oncotecture作为直接研究癌症的蛋白质的活性的框架具有许多优点。 “是追求的癌基因依赖范式遗传学方法被迅速用完了唾手可得的果实”,卡利法诺说。 “我们认为,着眼于蛋白水平,特别是这似乎是主调节蛋白质的数量相对较少,可以简化识别肿瘤必需依赖的问题,并帮助确定更好的战略精密药”。

克里斯·威廉姆斯


相关出版物

卡利法诺一个,Alvarez的米。 肿瘤发生,发展和药物敏感性的经常性架构。 NAT转癌症。 2016年12月15日。