欢迎到系统生物学(DSB)研究生课程的部门!本文档介绍的学生正在通过DSB博士学位的基本要求。争端解决机构的毕业生计划的一部分 综合方案用于细胞,  分子,   和生物医学研究 (CMBS中的“综合方案”),所以我们的广大需求,从这个更大的程序起源。但是,也有下面描述的一些重要的例外。

课程

作为太阳城平台的细胞,分子和生物医学研究的综合方案内的学生,学生在系统生物学专业化必须履行的程序的一般要求。然而,考虑到不同的利益和我们的学生的浓度,我们作出努力来定制特定的学位要求个人。 DSB学生应采取一共有六门课程,包括两个系统生物学课程,二生物学课程,和两个统计或计算的课程。的每个类别中的课程例子在下面列出。这个清单并非详尽和课程的可自定义每个学生的研究兴趣。 

此外,要求所有学生参加商业抵押担保证券(CMBS g9201)的研究负责任的行为和相关政策问题(CMBS 4011),学生讲座系列I,II研讨会,研究研讨会系列I,II研究CMBS(商业抵押担保证券g9601 ),并参加由DSB教师给出系统生物学系列研讨会的主题。 DSB还邀请教师来自世界各地的在我们的哥伦比亚系统生物学杰出的系列研讨会,这通常发生在周三下午3:00发言。出席本次研讨会部门强烈建议所有学生DSB。最后,虽然如上所述需要六门课程,学生们欢迎采取额外的课程,需要弥补知识差距。

系统生物学课程

BINF g4015(丹尼斯vitkup) - 计算系统生物学:蛋白质,网络功能
BINF g4017(彼得·西姆斯,玉峰沉,张李朝林) - 深度测序
TBD(罗尔·拉巴丹) - 基因组学和进化拓扑数据分析
生物学w4510(哈门·布斯玛克) - 基因调控的基因组学
COMS w4761(itsik pe'er) - 计算基因组学

生物课程

BCHM g4250(阿瑟帕) - 分子生物物理学
BCHM G6300(斯塔夫罗斯lomvardas) - 生物化学,细胞和分子生物学我
BCHM 6301(Gunderson的格雷格) - 生物化学,细胞和分子生物学二
生物学g6560(莫莉普沃斯基,蝶鞍的家伙,约瑟夫pickrell) - 人类进化遗传学
GEND G4050(蒂姆·贝斯特) - 先进的真核分子遗传学
GEND g4501(迈克尔米申) - 遗传学和发展的方法
GEND g6210(罗德尼罗斯坦) - 遗传学方法对生物问题
GEND g4027(安德鲁·汤姆林森) - 发育生物学的原理
CMBS g4150(乔纳森德沃金) - 分子遗传学
MICR G4020(基督教辛德勒) - 研究生免疫学
MICR g6055(基督教辛德勒) - 微生物学我的高级主题
MICR g6056(洛林赛明顿) - 微生物学II高级主题
nbhv g4900(达西凯利) - 在神经科学的实验方法
nbhv g4920(肯尼思·米勒) - 实验神经科学定量方法
nbhv g6010(加里Escola的) - 在系统神经科学主题
nbhv g6020(迈克尔·戈德堡) - 系统神经科学
路径g4500(BEN泰科,理查德·巴尔) - 癌症生物学我
路径g6003(罗纳德·列姆) - 在人类疾病机理我
路径g6004(罗纳德列姆) - 在人类疾病II机制

统计和计算课程

STAT w4240 / 5242(劳伦汉娜) - 数据挖掘
统计w4400 / 5241(约翰·坎宁安) - 统计机器学习
统计g6701(大卫blei) - 的图形模型基础
COMS e6998(大卫blei) - 离散数据的概率模型
BINF g4006(尼克tatonetti) - 翻译生物信息学
BINF g4002(noemie elhadad) - 方法II:计算方法}
STAT w4105(abolfazal safikhani) - 概率
统计w4107(罗纳德·尼思) - 统计推断
COMS w4771(丹尼尔饰) - 机器学习
COMS w4772(丹尼尔饰) - 先进的机器学习

实验室轮换

学生必须至少做两次旋转,但在该计划的第一年通常做的三个旋转。第一旋转将从九月运行到12月底。第二和第三旋转在长度上各自3个月:一月到三月,四月至六月。然后,学生们将在七月进入他们的论文实验室。培训教师提交书面的学生的进步的评价在每次轮岗,并表示愿意承担一个学生。这些评价是学生的永久记录的一部分。如果两个旋转后,学生还没有确定一个实验室,他或她可以做论文工作中,我们要求学生讨论与导演或节目的联合负责人详细最终的旋转,以确保这最后的旋转是可能的潜在回家的学生。偶尔,有必要对学生做的第四旋转,但我们坚决反对这一点。 

鼓励学生通过亲自与教师开会调查潜在的旋转实验室的研究兴趣。虽然对实验室网站上提供的信息显著量,既教师和研究人员在实验室中进行交互是必不可少的。 实验室旋转需要先进的规划,我们要求学生通过9月15日提交到他们的第一个旋转,其第二旋转由1月5日,他们的第三旋转由4月1日和这些日期告知其旋转实验室DSB研究生课程协调员 。学生在综合方案有机会参加了在今年年初召开的务虚部门之一。学生DSB也有机会参加了在九月中旬举行,每年的部门撤退。 2019年DSB撤退将于十月三日日至4日发生在埃伦维尔,纽约州荣誉的天堂。运输将由部门提供。一年级学生也被要求出席在系统生物学系列研讨会的主题,其中DSB教师将展示在他们的实验室进行的研究的概述。 ( 看到这里的事件。 )这会从下午5:00在2018秋季举行周二晚上至下午6:00。

加入系统生物学轨道

任何学生通过在太阳城平台兴趣加入该系统生物学轨道可以在程序的第一年年底提交正式请求分子,细胞和生物医学研究的综合方案承认,且必须满足以下要求:

  • 学生必须满足此页面上的系统生物学的专业化要求,包括所有课程。  
  • 学生还必须参加DSB教授的实验室。

对于资格考试指南

资格考试的目的是确定学生是否可以制定一个研究计划,调查基于在该领域科学文献的深入理解科学问题。建议应根据学生提出的论文项目。学生应该构思和写提案,但是被允许从他们的顾问接收输入。该提案随后在口试的辩护审查委员会之前,包括与集成方案相关的三个教师。委员会成员(不包括顾问)谁是熟悉的研究课题可以由学生和学生的顾问来选择,而是应该由项目主管的批准。 需要注意的是DSB要求学生至少有一个DSB教员  他们的资格考试委员会。   (在学生的导师是不是DSB教员的情况下,学生必须至少有两个DSB教员。) 该项目主管将分配委员会主席。学生通过,有条件通过,并分配一个补救运动或被要求重复检查的全部或部分,或失败(请参阅下面的更多细节)。导师须参加考试无声观察员。

倡议书

学科

该研究建议,应根据学生提出的论文题目。该建议定义了一个重要的问题,严格审查了相关文献,发明了一种基于假设的研究计划,以解决在逻辑和直接的方式问题,并解释了这一研究的数据如何可以解释。

副本和提交

学生必须完成和口试前提交书面提案的副本到每个检查委员会委员和论文指导老师一个星期。

长度

倡议书应该在美国国立卫生研究院NRSA格式准备( //grants.nih.gov/grants/funding/416/phs416.htm )。这包括随后的研究策略(意义,方法,初步研究)具体目标(1页最大)。该提案应为6单倍行距打字页(包括附图),加上引用的其他页面。用于所有页面的至少二分之一英寸边距(顶部,底部,左,右),使用Arial字体的字体中,黑字体颜色,以及11分或更大的字体大小。该提案应提交给委员会之前转换为PDF。

格式

建议最好遵循以下格式:

  • 标题
  • 具体目标:  中最多一个页面,说明你的建议的研究精确的目标和总结了预期的结果(S),包括你的结果将对所涉及的研究领域(S)的影响。包括你的地址作为目标(在数2-3),并简要说明您将如何解决每个问题。
  • 意义:  解释这个问题或重要障碍,在该领域取得进展的重要性,你提议的地址项目;它将如何提高科学知识,技术能力,和/或在一个或多个领域的临床实践;以及如何在概念,方法,技术,护理,服务或预防性驱动,如果提出的目的是实现该领域将被改变的干预措施。
  • 做法:  描述总体战略,方法,并分析你会用来完成该项目的具体目标。包括数据如何收集,分析和解释,以及应该提到的任何资源共享计划。讨论潜在的问题,替代战略,并为你为了达到你的目标预测成功的基准。如果该项目正处于发展的早期阶段,描述的任何战略确立可行性,并解决所提出的任何工作的高风险方面的管理。指出任何程序的情况下,或材料可能危害人员和注意事项行使。如果你提出对人类胚胎干细胞(hESC),但来自美国国立卫生研究院人类胚胎干细胞登记核准的细胞系不能被识别的研究,提出为何合适的细胞系,不能从注册表选择在这个时候一个强有力的理由。 
  • 初步研究:  包括初步研究(包括由其他人在实验室中收集的数据),如果任何信息。讨论任何初步的研究,数据和/或经验是有关你的建议。
  • 引用

口头陈述

这应该持续不超过25-30分钟。它应该是一个“座谈”,没有幻灯片或PowerPoint演示文稿,除非一个复杂的序列(或类似的数据)必须提交。它给一个组织良好的和清晰的呈现是很重要的;学生应努力脱稿发言。

大体时间

资格考试不迟于第二年十月(四月MD /博士研究生)的结束必须发生。鼓励学生下旬参加考试的夏天后的第一年或者第二年的初秋。该提案必须在预定考试前发给审定委员会一周。如果不这样做可能会导致考试取消。

结果

考试委员会将决定以下结局之一:

  • 通过 表明该学生证明了追求论文研究的充分的准备和推理能力。
  • 有条件通过 表明该学生证明考试的一些不足之处。该委员会可作出具体的建议,例如具体的课程,或者没有复审重写纸(S)。
  • 失败 表明该学生曾在筹备或推理能力严重不足。在这种情况下,委员会建议该学生离开该程序的CMBS项目主管。
  • 三个月内再次参加考试。  在某些情况下,委员会可不会满足学生的表现,并建议学生改写了他的建议三个月向原审批的范围内进行复核。在复审结束时,上面列出的三个结果中的一个将导致。

注意:倡议书应该在美国国立卫生研究院奖学金格式进行制备。谁的学生有资格获得美国国立卫生研究院的资金应该使用建议申请个人NIH奖学金(F31)。对于美国国立卫生研究院博士前建议的标准期限是4月8日,8月​​8日和12月8日。

例如课程

DSB学生通常在五年内完成博士学位,很少需要六年时间。虽然存在满足为DSB学生的phd要求许多配置,在这里是可接受的课程的例子:

Sample Curriculum

论文

无论是在春季或第二年的夏天,学生选择他们的论文委员会与他们的研究顾问的帮助。这些委员会将提供与学生们的项目的科学专业知识,他们监控自己的研究生涯中的学生,使进度。  注意DSB要求学生除了拥有自己的论文委员会的博士生导师3名教职工,这三个教员至少一个必须在DSB教师。 (在学生的导师是不是DSB教员的情况下,学生必须有至少   教员。) 

学生必须通知他们的论文委员会的成员和会议日期的DSB研究生课程协调员。在一般情况下,我们已经发现,通过论文委员会监控是至关重要的,以确保学生完成他们的研究,及时。

我们已经建立了一定的规则对学生的毕业论文委员会会议,这取决于他们在节目中的一年。为委员会第一次会议,这是无论是在第二年的春天或夏天举行,学生们准备他们将论文做研究的具体目标。委员会与学生的论文工作的背景下,其中的工作将继续进行顺序的优先事项,以及实验选定的设计讨论。它是可能的,委员会可建议改变实验设计或优先级。 学生必须每年举行的论文委员会会议,但论文委员会可以决定更经常与学生见面。 在任何情况下,另一次会议将定于研究生院的第三年,以评估学生在他们的论文工作所取得的进展。

这些会议,学生们准备在年内完成的工作的一个简短的演讲,详细介绍了它的地址怎么以前提出的目标。该委员会评估了学生以往的宗旨和原计划的可行性明显进步。在接下来的年度会议上,学生们准备一个1-2页的报告,概述了以前的目标进度,也提出他们的时间表完成自己的论文工作。该委员会可以而且应该建议改善实验策略和困难或危险的实验后备计划。

论文格式

学生必须遵循 Graduate School of Arts & Sciences dissertation formatting guidelines .