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系统生物学研究的一个重要组成部分,是发展分析大量的生物数据的改进方法。研究人员在系统生物学和计算生物学和生物信息学中心的太阳城平台部门已经制定 算法丰富,多样的收集分析生物数据,以及可靠的生物信息数据库。我们的计算工具包括用于推断调控网络,预测蛋白质结构和相互作用,分析基因序列和表达数据,并用于研究遗传和进化等应用方法。

geworkbench

在主持下 中心遗传和蜂窝网络的多尺度分析(磁铁),我们已经开发了一种名为集成,用户友好的平台 geworkbench,这使得通过提供给研究人员随时随地中心制作的工具和数据集。这种互操作性,支持网格的,国家的最先进的生物信息学平台,使他们能够为:

  • 具有多种用于分析,可视的其他现有的生物信息学模块,以及管理多个数据模态的集成
  • 组装成使用一个简单而强大的视觉前端和脚本语言复杂的生物信息学的工作流程和生物医药应用。

geworkbench提供基因组数据的分析和可视化组件的丰富的收藏。

除了磁体工具,geworkbench提供访问该支持许多基因组数据类型(例如,基因表达,序列,结构和基因网络)的分析和可视化组件的丰富集合。其中一些组件已经开发从头而其他包装流行的第三方软件,如 Cytoscape的, 多实验观察者(兆电子伏), 和 genepattern。超过70个geworkbench模块是可用的,其中包括:

  • 解析器最常见的基因组数据文件格式
  • 用于监督和无监督学习的基因表达的分析算法
  • 序列同源性,模式发现,启动子区域预测
  • 基因相互作用网络推断和可视化
  • 3-d蛋白质建模
  • 基因本体富集分析
  • 和许多其他人

geworkbench还通过支持 癌症生物医学信息网格(cabig) 主动性和充分利用许多cabig技术。例如,计算密集的分析被包裹,并使用部署为网格服务 cagrid,cabig的网格中间件层。类似地,cagrid以及所述 癌症生物信息学基础设施对象(cabio) 编程接口,以便提供到远程数据和注释源的无缝访问使用。例如,geworkbench提供了一个集成接口的 caarray 基因组数据储存库和它也允许基因,通路,和疾病信息从检索 癌症基因组解剖计划(CGAP) NCI-自然途径相互作用数据库,和 癌基因指数(CGI),命名只是几个例子。

开放源代码开发和用户支持

geworkbench是一个开源的基于Java的平台和贡献社会的成员是欢迎和鼓励。访问geworkbench源代码库和最新的生产代码版本是可以通过 项目中的gforge页。额外的技术文档,包括代码示例,可以在找到 “开发商” 在geworkbench网站的部分。最后,开发人员和geworkbench的最终用户的支持是通过提供 分子分析工具知识中心 它提供了访问文档,常问问题,知识库条目和用户论坛社区和专家支持。