3DNA
主要研究者(S) 祥君禄,哈门·布斯玛克
3DNA是用于分析,重建和可视化3D含核酸结构的通用性,集成软件系统。的3DNA套件包含DSSR,用于解剖RNA的空间结构一个集成的软件工具,和捕捉用于分析核酸 - 蛋白质复合物的结构。
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adometa
主要研究者(S) 丹尼斯vitkup
旨在预测基因孤儿代谢活动的生物信息资源 - 已知的生物化学活动目前未分配给某些或所有生物体的基因。
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aracne
主要研究者(S) 安德烈卡利法诺
一种算法从一组微阵列实验推断基因调控网络。
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阿特拉斯-SNP
主要研究者(S) 沉宇峰
新一代测序的生物信息学分析。
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B细胞相互作用组
主要研究者(S) 安德烈卡利法诺
蛋白质 - 蛋白质,蛋白质-DNA,和在人B细胞调节相互作用的网络。
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偏置消除
主要研究者(S) 安德烈卡利法诺
两个R脚本从多孔集除去位置偏差。
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独木舟
主要研究者(S) 沉宇峰
用于调用拷贝数的方法从外显子测序数据变与参考样本的任意数量。
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condex(condr)
主要研究者(S) itsik pe'er
用于检测拷贝数的隐马尔可夫模型中显子组序列数据的变体。
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CTK
主要研究者(S) 李朝林张
软件包剪辑数据的全面,简化的分析,包括呼叫高峰和精确的蛋白质的RNA交联点的识别。
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短跑
主要研究者(S) itsik pe'er
破折号(破折号联营共享单倍型)是用于通过下降检测关联身份的簇与该种系软件工具检测(IBD)片段的工具。
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德尔福
主要研究者(S) 巴里霍尼格
提供数值解为任意形状和电荷分布的分子泊松 - 波尔兹曼方程(线性和非线性的形式)。
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需求
主要研究者(S) 安德烈卡利法诺
用于确定动作的药物的机制,包括直接的药物靶标和参与执行其效果或调节其活性的其它基因产物的有效和准确的方法。
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diggit
主要研究者(S) 安德烈卡利法诺
一个Bioconductor的包用于识别位于主调节器的上游和驱动的细胞表型的遗传变体。
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episcore
主要研究者(S) 沉宇峰
的方法,基于在正常条件下的人类表观轮廓预测基因单倍剂量不足。
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前夕
主要研究者(S) saeed tavazoie
一个模拟框架在复杂动态环境微生物种群。
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胎儿酒精中毒综合症
主要研究者(S) 罗尔·拉巴丹
序列数据的频率分析(胎儿酒精中毒综合症)
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featurereduce
主要研究者(S) 哈门·布斯玛克
软件用于从蛋白推断的基于特征的蛋白质-DNA相互作用模型结合微阵列(PBM)数据;在顺-BP的数据库中。
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主要研究者(S) saeed tavazoie
基于互信息的花纹图案的发现和鉴定程序。
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火-PRO
主要研究者(S) saeed tavazoie
一个motif发现和鉴定程序基于互信息的蛋白质。
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gamtoc
主要研究者(S) 罗尔·拉巴丹
使用来自一组患者拷贝数和突变的数据,例如从TCGA,找到一个相关的突变模式的基因模块。
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生殖系
主要研究者(S) itsik pe'er
的算法用于在大群体对(无关)的个体之间通过血统(IBD)发现同一性的长共享段。
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geworkbench
主要研究者(S) ARIS floratos
提供的基因组学工具的集成套件。
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有它
主要研究者(S) itsik pe'er
hadit(在肿瘤中的单倍型放大失真)是用于计算和可视化在肿瘤SNP等位基因数据失真的工具。
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帽子
主要研究者(S) itsik pe'er
调用扩增的等位基因,并称为肿瘤扩增子内构建单倍放大的工具。
爱马仕
主要研究者(S) 安德烈卡利法诺
预测竞争内源RNA(Cerna的)使用条件互信息候选RNA的表达谱和它们的共同的miRNA调节剂相互作用。
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HLA-IBD
主要研究者(S) itsik pe'er
使用共享的段是由下降(IBD)是相同的,从基因型数据推断出每个基因座推断人类白细胞抗原类型的方法。
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热点
主要研究者(S) 沉宇峰
一个方法来推断癌症体细胞突变热点。
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与eqtl的相关模块的推理
主要研究者(S) itsik pe'er
用于构建通过使用基因表达和跨多个个体的SNP变异数据eqtls调节模块的工具。
infostip
主要研究者(S) itsik pe'er
对于由总信息潜在测序选择单个的工具,基于种系输出。
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的iPage
主要研究者(S) saeed tavazoie
基于互信息的功能和分类浓缩铀计划。
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狐狼
主要研究者(S) 浙信香,巴里霍尼格
为建模和蛋白质结构分析程序的集合。
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logogenerator
主要研究者(S) 哈门·布斯玛克
产生“能量标志”表示的DNA结合在生物物理学可解释方式的转录因子的特异性(字母高度等于DDG / RT)。
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madss
主要研究者(S) 尼古拉斯·塔通蒂
网络分析框架标识不良事件(AE)的人类相互作用组(蛋白质 - 蛋白质相互作用的网络)内的邻域。
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码头
主要研究者(S) 安德烈卡利法诺
主调节器推断算法识别控制两个表型,a和b,而后者的表型的维持之间的过渡的转录因子(TFS)。
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matrixreduce
主要研究者(S) 哈门·布斯玛克
可以说是第一“深学习”模型的位置特异性亲和基质(PSAM)模型拟合到(连续分布)功能基因组学的数据。
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mcarts
主要研究者(S) 李朝林张
隐藏马尔可夫模型(HMM),用于预测的RNA基序位点簇为基础的方法。
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mindy2 /辛迪
主要研究者(S) 安德烈卡利法诺
算法用于转录的相互作用的调节剂的全基因组发现。
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谦虚
主要研究者(S) 哈里斯旺
与莫滕索默开发,适度允许最佳的寡核苷酸实现使用法师基因组工程平台特定的突变的快速和有效的设计。
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mrin
主要研究者(S) 李朝林张
直接从RNA测序数据评估的mRNA完整性的定量测量的方法。
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mutagenesys
主要研究者(S) itsik pe'er
使用全基因组基因型数据来估计个体疾病易感性。
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MVP
主要研究者(S) 沉宇峰
法预测错义变异体的有害的遗传效应。
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主要研究者(S) 浙信香,巴里霍尼格
基于序列模板对准用于建模蛋白质结构的算法。
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紫菜
主要研究者(S) 罗尔·拉巴丹
紫菜(非编码RNA标识)是一个计算工具,使用下一代测序识别lncrnas。
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olego
主要研究者(S) 李朝林张
用于映射RNA-SEQ一个程序读取,包括外显子接点的从头鉴定。
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onthefly
主要研究者(S) 巴里霍尼格,理查德·曼恩
的果蝇转录因子及其结合位点的数据库。
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歌剧
主要研究者(S) itsik pe'er
对于功耗估算,旨在罕见变异协会全基因组重测序项目的设计工具。
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潘多拉
主要研究者(S) 罗尔·拉巴丹
多步骤管道用于RNA测序数据中寻找病原体序列。
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飞马
主要研究者(S) 罗尔·拉巴丹
使得能够使用RNA测序数据致癌基因融合的注释和预测。
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pooldesign
主要研究者(S) itsik pe'er
用于设计重叠池为变体载体标识的工具。
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predus
主要研究者(S) 巴里霍尼格
对于基于接口保护结构上相似的蛋白质邻居之间的蛋白质 - 蛋白质界面的预测的工具。
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preppi
主要研究者(S) 巴里霍尼格
预测和实验确定的蛋白质 - 蛋白质相互作用(质子泵抑制剂),用于酵母和人类的数据库。
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棱镜
主要研究者(S) 巴里霍尼格
一个集成的计算系统中的计算工具对蛋白质序列和结构的分析和建模来实现。
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蛋白质-DNA界面比对软件
主要研究者(S) 巴里霍尼格
对准从基于各氨基酸的它的本地DNA的几何关系的两个蛋白质-DNA复合物的界面的氨基酸。
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快达
主要研究者(S) 李朝林张
一个管道,用于分析使用RNA-SEQ数据可变剪接。
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随机
主要研究者(S) 罗尔·拉巴丹
随机是一个Python包用于使用随机矩阵理论去噪单细胞数据。
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减少套房
主要研究者(S) 哈门·布斯玛克
对基因表达的转录因子(TF)的调节建模的软件工具;包括matrixreduce,logogenerator,和transfactivity。
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剧目
主要研究者(S) 沉宇峰
脚本分析T细胞受体库测序数据。
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萨维
主要研究者(S) 罗尔·拉巴丹
用于调用在高通量测序数据的变体的程序,特别是成对的肿瘤正常样品。
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屏幕
主要研究者(S) 巴里霍尼格
用于鉴定蛋白质的空腔和计算可应用于用于分类和分析腔属性的工具。
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SCTDA
主要研究者(S) 罗尔·拉巴丹
一个面向对象的Python库用于高通量单细胞RNA测序数据的拓扑数据分析。
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shareviz
主要研究者(S) itsik pe'er
基于人种系输出隐藏关联的图形可视化的工具。
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sixpac
主要研究者(S) itsik pe'er
一种有效的,可扩展的搜索算法,对在大的情况下,控制数据的物理无关联的SNP(全基因组)的之间发现的协同作用。
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斯卡
主要研究者(S) 巴里霍尼格
一个程序来比较和调整蛋白质结构。
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天际线
主要研究者(S)
高通量管道的蛋白质结构的同源建模。
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splicescope
主要研究者(S) 李朝林张
的方法,以基于可变剪接轮廓评价神经元的成熟。
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蜇千年
主要研究者(S) 巴里霍尼格
基于Web的套件的结构和序列的全面,同时分析程序。
表面
主要研究者(S) 巴里霍尼格
该计算溶剂可及表面积和曲率校正的溶剂可及表面积的程序。
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T-分析器
主要研究者(S) 哈门·布斯玛克
使用t检验一个基于网络的工具来解释在基因本体论类别或基于芯片的调节子的水平的全基因组基因表达的变化。
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目标
主要研究者(S) 罗尔·拉巴丹
使用持久性的同源性,从拓扑数据分析的工具来重构从采样的基因序列的非垂直的进化历史重量轻的应用。
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目标探险
主要研究者(S) 巴里霍尼格,理查德·曼恩
自动预测用于在黑腹果蝇基因组中指定的一组转录因子的复杂的调控元件的过程。
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teiser
主要研究者(S) saeed tavazoie
一个从头motif发现工具用于查找信息的RNA结构元素。
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TOBI
主要研究者(S) 罗尔·拉巴丹
TOBI预测从的.vcf或.bam输入体细胞变体。
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transcriptiondetector
主要研究者(S) 哈门·布斯玛克
查找用于在基因组阵列实验措施显著表示基因座的探针的工具。
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毒蛇
主要研究者(S) 安德烈卡利法诺
R-系统包包括由富集的调节子分析(蝮蛇)蛋白活性的虚拟推理和主调节器推理分析(码头)的算法。
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xplorigin
主要研究者(S) itsik pe'er
解析混合个体的群体祖先的工具。
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粉黛
主要研究者(S) itsik pe'er,沉宇峰
用于检测拷贝数的变体工具的基础上的覆盖和伴侣配对信息两者深度(CNV的)的全基因组数据。
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